Kết quả nghiên cứu khảo cổ học - lịch sử những năm gần đây của các nhà khoa học trong nước và quốc tế tuy chưa đầy đủ nhưng cũng cho chúng ta hình dung, khái quát được diện mạo, bề dày, diễn trình lịch sử - văn hóa về Cù Lao Chàm.

         Vào khoảng thiên niên kỷ II trước Công nguyên: Qua di chỉ Bãi Ông, được phát hiện, thám sát khảo cổ năm 1999 và khai quật năm 2000, với khá nhiều hiện vật gốm thô và đáng chú ý là hiện vật đá, công cụ mài như: Rìu tứ giác ngắn, rìu có vai, lưỡi ghè, bàn mài nhiều loại; Công cụ từ chất liệu cuội như: Hòn kê, chày, hòn đập, bàn nghiền, dụng cụ miết gốm, chì lưới... hoặc răng hàm cá, kim bằng xương, mảnh nhuyễn thể, hạt cây, than tro... Chúng được nằm trong tầng văn hóa ổn định, dày khoảng 60cm và có lớp trên là tầng văn hóa: Gốm sứ, bán sứ, sành, gốm thô của cư dân từ sau thế kỷ IX - X. Từ hiện vật, kết hợp xem xét kết cấu địa tầng, tầng văn hóa, bằng phương pháp tham chiếu, đối sánh và phương pháp giám định C14, AMS mà các nhà khoa học đã khẳng định: Đây là di tích của cư dân bản địa thời Tiền sử hay Tiền Sa Huỳnh cách ngày nay khoảng hơn 3.000 - 3.500 năm trên đảo Cù Lao Chàm, đồng thời qua di tích Bãi Ông cũng cho thấy mối liên hệ xa - gần; ngang - dọc của nhóm cư dân sống ở khu vực duyên hải, đảo ven bờ miền Trung Việt Nam thời Tiền sử. Nó có ý nghĩa quan trọng liên quan đến thời Tiền sử của cư dân xứ Quảng và cả chuỗi Nam Đảo ở Đông Nam Á.
           Vào khoảng thiên niên kỷ I trước Công nguyên: Tuy các nhà khảo cổ học chưa tìm thấy di tích của cư dân thời kỳ này ở Cù Lao Chàm (?), nhưng kết quả nghiên cứu khảo cổ - lịch sử trong khu vực cho biết, vào thiên niên kỷ I trước Công nguyên hoạt động buôn bán ở vùng biển phía Bắc bán đảo Mã Lai đến phía Nam vùng biển Việt Nam đã được tiến hành tương đối sôi động bởi các hải nhân Malayo - Polynesian. Họ đã mở rộng hoạt động đến tận Trung Quốc. Nhất là vào thế kỷ II - trước Công nguyên, theo nhiều nhà nghiên cứu lịch sử hàng hải quốc tế thì đã hình thành tuyến vận tải biến từ Biển Đỏ - Vịnh Ba Tư - Ấn Độ - Bắc Đông Nam Á - Trung Quốc, Nhật Bản. Trên đường từ Nam Thái Lan - Bắc Mã Lai đến Quảng Châu (Trung Quốc) chỉ có một trạm dừng chân duy nhất là Chiêm Cảng - Cù Lao Chàm để nghỉ ngơi, tích trữ lương thảo, nước ngọt, trao đổi hàng hóa... Kết quả nghiên cứu về người Sa Huỳnh ở Hội An - xứ Quảng cũng cho biết về người Sa Huỳnh đã sử dụng Cù Lao Chàm như là tiền Cảng để trao đổi xa đến Ấn Độ, Trung Quốc và nhiều nơi khác.

           Vào khoảng đầu – giữa thiên niên kỷ I sau Công nguyên: Các nhà khảo cổ học vẫn chưa tìm thấy di tích về cư dân Cù Lao Chàm ở thời kỳ này. Tuy nhiên, theo tư liệu lịch sử thì Cù Lao Chàm cùng Hội An – xứ Quảng nằm trong đất huyện Tượng Lâm, quận Nhật Nam. Năm 192, nhà nước Lâm Ấp ra đời (tức Champa sau này). Từ đây, đảo Cù Lao Chàm thuộc nhà nước Lâm Ấp/Champa/Chiêm Thành. Tuy nhiên, vào khoảng đầu - giữa thiên niên kỷ I sau Công nguyên, vai trò của Cù Lao Chàm rất mờ nhạt. Bởi thực tế “con đường tơ lụa” vốn được hình thành từ trước Công nguyên, nối liền Trung Quốc với Địa Trung Hải qua vùng Tây Á, cùng những hoạt động buôn bán trên biển từ Đông sang Tây vào thế kỷ II sau Công nguyên càng phát triển nở rộ hơn với 3 tuyến: Trung Quốc, Ấn Độ- Fù Nam, Fù Nam - Trung Quốc. Vùng biển Java, chủ yếu do người Mã Lai nắm giữ với hàng hóa khai thác ở vùng quần đảo Mallacca, Borneo, Sumatra... được tập trung ở Koying sau đó được đến Fù Nam để buôn bán. Như vậy, vương quốc Fù Nam đóng vai trò rất quan trọng đối với mậu dịch hàng hải vào thời kỳ này. Nhưng rồi từ thế kỷ V - VI sau Công nguyên, con đường buôn bán trên biển chuyển dịch xuống eo biển Malacca, vai trò của Vương quốc Fu Nam suy yếu.

           Bước vào thế kỷ VII - IX, X: Có thể nói đây là giai đoạn cực thịnh của thương cảng Cù Lao Chàm và của nền thương mại Champa nói chung trong lịch sử. Nguyên nhân cơ bản ngoài sự lợi thế về vị trí của Cù Lao Chàm - Champa thì phải kể đến đó là: Sự chuyển dịch con đường buôn bán trên biển ở Đông Nam Á - xuống eo biển Malacca dẫn đến sự suy yếu của Fù Nam và đặc biệt, ở Ấn Độ sau khi triều đại Gupta bị sụp đổ, vai trò kiểm soát khống chế buôn bán ở khu vực của Ấn Độ cũng không còn như trước. Thuyền buôn từ các nước vùng Trung Cận Đông - Địa Trung Hải có thể thẳng đến vùng biển Champa, Trung Quốc để giao thương, buôn bán, mà Cù Lao Chàm - Champa là vị trí, dừng nghỉ lý tưởng trên chặng đường này. Vai trò của Cù Lao Chàm ở thời kỳ này, qua di tích khảo cổ ở Bãi Làng - Hòn Lao - Cù Lao Chàm chứng minh rất rõ. Trong tầng văn hóa dày khoảng 1,4m của di tích, hiện vật rất phong phú gồm: gốm sứ Islam có nguồn gốc từ các lò ở Trung Cận Đông; gốm sứ có nguồn gốc từ các lò ở Nam Trung Quốc; đồ thủy tinh màu với khá nhiều mảnh của đồ gia dụng (ly, âu, bát, đĩa, bình...) mà các nhà khảo cổ học thế giới đã phát hiện được ở nhiều di chỉ thuộc Đông, Nam và Đông Nam Á và cho biết chúng có nguồn gốc từ vùng Trung Cận Đông. Đặc biệt với khá nhiều đồ trang sức bằng thủy tinh, đá quý mang sắc màu khác nhau, nhiều hình dạng, thậm chí nhỏ li ti thể hiện được chế tác hết sức tinh xảo. Hơn nữa, qua nhiều mẫu phế liệu thể hiện rõ: có nhiều loại sản phẩm được sản xuất từ nội địa, bởi cư dân Champa. Tương tự như những hiện vật này, đã được phát hiện trong nhiều di chỉ: Trà Kiệu (Duy Xuyên – nguyên là kinh đô của vương quốc Champa), hay trong văn hóa Sa Huỳnh ở miền Trung hoặc xa hơn trong văn hóa Fù Nam, Óc Eo vùng Nam Bộ Việt Nam. Ngoài ra, còn khá nhiều hiện vật là nguyên liệu thủy tinh màu nhập khẩu, hoặc sắt, đá mài, cuội, chì lưới bằng đất nung, quả cân đồng, mảnh gương đồng... Nhìn chung, các chủng loại hiện vật ở đây khá thống nhất trong khung niên đại từ thế kỷ VIII - X. Kết hợp với nhiều nguồn tư liệu, thư tịch cổ, theo các nhà khảo cổ, sự có mặt của các hiện vật nói trên đã phản ánh quan hệ giao lưu buôn bán ở vùng đảo này. Nó nằm trên trục giao thông đường biển nối liền các trung tâm buôn bán lớn của các quốc gia vùng Đông Nam Á và Trung Cận Đông. Đây là điểm dừng chân thuận lợi để tránh gió bão, lấy nước ngọt và lương thực và chắc hẳn nơi đây là bến chợ của thương thuyền nhiều nước.
           Từ thế kỷ X - XV: Nhà nước Đại Việt trở nên hùng mạnh sau khi giành được độc lập vào thế kỷ X, thì ngược lại Champa suy yếu dần về quân sự, kinh tế và dẫn đến sự chuyển dịch kinh đô từng bước lùi xuống phía Nam. Mặc dù thuyền buôn Trung Quốc vẫn ít nhiều ghé dừng chân ở thương cảng Cù Lao Chàm để nghỉ ngơi, tích trữ lương thảo, nước ngọt giữa hành trình đi - về và xuống phía Nam qua khu vực biển Đông. Nhưng rồi, vào thể kỷ XV, tuyến đường Phúc Kiến - Luzon (Philippin) được khai mở, thu hút thuyền Trung Quốc ghé qua, nghỉ ngơi, buôn bán rồi đi xuống Đông Nam Á thì Cù Lao Chàm thưa vắng dần thương khách và suy yếu hẳn. Rồi đến năm 1471, Đạo Thừa tuyên Quảng Nam được xác lập, Cù Lao Chàm thuộc về Đại Việt, tiếp tục với vai trò một “trấn sơn” của Cửa Đại (Chiêm), là hoa tiêu, điểm dừng chân của các thương thuyền trên con đường hàng hải ở khu vực và quốc tế đến với Đô thị thương cảng Hội An của Chúa Nguyễn - Đàng Trong - Việt Nam.

          Đến khoảng thế kỷ XVII: Cư dân Việt mới đến cư trú đông đảo trên Hòn Lao, tập trung chủ yếu ở Bãi Làng rồi Bãi Hương, lập nên làng Tân Hiệp. Sách “Đại Nam Nhất thống chí” có viết về Cù Lao Chàm như sau: “Cách huyện Diên Phước 68 dặm về phía Đông, ngất ngưỡng giữa biển, gọi là đảo Ngọa Long, cũng còn gọi là Hòn Cù Lao, có tên nữa là Tiêm Bút, tên cổ là Chiêm Bất Lao, làm trấn sơn của cửa biển Đại Chiêm; Dân phường Tân Hiệp ở phía Nam núi; ruộng đất trên núi có thể cày cấy, thuyền biển nước ta và nước ngoài trông núi làm chừng (làm mốc) đi về đều đỗ ở đấy để lấy củi, nước”. Trong thời kỳ này, địa danh Cù Lao Chàm luôn được các thương nhân, các nhà truyền đạo (Phật giáo, Thiên Chúa giáo) quan tâm, để ý và thậm chí với cả âm mưu chiếm đóng cho mục tiêu lâu dài của chủ nghĩa thực dân ở Việt Nam và cả khu vực Đông Nam Á. Năm 1523, giáo sĩ người Bồ Đào Nha Duark Coelho đến vùng biển Hội An, đã tạc lên đảo Cù Lao Chàm một hình thánh giá để làm lưu niệm, nhưng không nói việc buôn bán có diễn ra ở vùng đất này; Năm 1695, Thiền sư Thích Đại Sán đến xứ Đàng Trong, trên chặng đường trở về đã ghé vào Cù Lao Chàm, ông đã ca ngợi nơi đây qua việc mô tả rất kỹ về cảnh trí và sinh hoạt dân cư trong cuốn nhật ký của mình; Năm 1742, Dumont, người Pháp, chủ nhiệm công ty Đông Ấn đến Đàng Trong có bản phúc trình gửi Chính phủ... Theo ông ta phải chiếm Cù Lao Chàm, mở thương điếm tại đây để quản lý các hoạt động ngoại thương tại cảng thị Hội An; Năm 1793, theo nhiều nguồn tư liệu cho biết: Ba chiến hạm lớn của Đặc sứ đặc mệnh toàn quyền Anh quốc Macartnay bỏ neo tại Vịnh Đà Nẵng với nhiều vụ quan sát Cù Lao Chàm và tường trình kỹ về đảo này cho Chính phủ Anh. Tiếp theo ba lần người Anh đã đặt vấn đề Đà Nẵng - Cù Lao Chàm trước Hông Kông nhưng đều không thành. Thậm chí nuốn có chung một hiệp ước trước sự việc pháp xâm lược Việt Nam - bắt đầu từ năm 1847; Năm 1891, chiếc tàu hai buồm Frankhin của Hoa Kỳ đã đến Cham Callao (Cù Lao Chàm) để đi về phía Twon, ngang qua cảng thị trấn Faifo.

            Trải qua nhiều thế hệ dân cư tồn lưu và phát triển, trên một diện tích không rộng lắm, người không đông, nhưng các lớp cư dân nơi đây đã tạo dựng và vẫn bảo tồn được nhiều công trình kiến trúc: Đình, Lăng, Miếu, Chùa, Giếng cổ có niên đại từ đầu thế kỷ XVIII đến đầu thế kỷ XX. Tuy quy mô kiến trúc nhỏ hẹp nhưng lại rất độc đáo, riêng biệt trên từng chi tiết thể hiện, kiểu thức kiến trúc và ý nghĩa, nội dung nhân văn của một vùng đảo. Hơn nữa, nhiều di tích tín ngưỡng thể hiện rất rõ sự chuyển tiếp tín ngưỡng từ cư dân Champa sang cư dân Việt mang đặc trưng, yếu tố hải đảo khá rõ nét. Đặc biệt dọc theo các sườn núi của Hòn Lao nhìn xuống các bãi cát có nhiều điểm “đá xếp” thành hệ thống còn được bảo tồn khá tốt, khá điển hình ở khu vực miền Trung, Việt Nam vào thời kỳ của cư dân Champa với mục đích sử dụng nguồn nước tự nhiên cho nhu cầu của cuộc sống, gồm hai hình thức hệ thống liên hoàn khác nhau:

           1. Hệ thống “đá xếp” theo từng bậc, từ thượng nguồn xuống: lấy nước cúng tế - nước ăn, uống - nước tắm, giặt, sinh hoạt khác - tưới cho ruộng lúa trước khi chảy ra biển.

           2. Hệ “đá xếp” tạo thành điểm cư trú (làm nhà), kết hợp nương rẫy, làm ruộng khô (Xích điền), trồng hoa màu, cây ăn trái... hoặc Nà (ruộng bậc thang có nước) và ruộng trên những bãi bằng, thường xuyên có nước để trồng lúa nước (Bạch điền).

            Nhìn trên góc độ môi trường sinh thái, Cù Lao Chàm có khí hậu hải dương điều hòa, nền nhiệt độ khá đều trong các mùa, trung bình 20 - 24^0­C^­­­ mùa Đông ấm áp, mùa hè mát dịu, ít bị khô nóng bởi gió phơn Tây Nam. Lượng mưa tương đối ít và điều hòa (2.000 - 2.400 mm/năm), độ ẩm trung bình 80 - 90%, không có sương mù và hầu như được mặt trời chiếu sáng quanh năm. Nhờ vào điều kiện thuận lợi của một vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa hải dương nên hệ động thực vật trên đảo khá phong phú, hợp thành sức sống bền vững, mãnh liệt của thế giới vạn vật nơi đây, giúp cho con người có tiềm năng để khai thác, mưu sinh. Rừng Cù Lao Chàm có nhiều loại lâm sản: gỗ quý (gõ, kiền kiền, dẻ, chua...), mây, song, dâu, sim...; chim, thú; dược liệu (dò dẻ, mã tiền, sơn máu, ổi tím, lá ngáy, ngũ gia bì, thanh hao...). Trên hòn Lao, tại các bãi Ông, bãi Bìm, bãi Chồng, bãi Xếp, bờ biển thoai thoải, sóng nhẹ, nước trong tạo thành những bãi tắm rất lý tưởng. Quanh các đảo từ độ sâu 1 - 20m nước xanh biếc, soi rõ từng cụm san hô đủ sắc màu rất tuyệt vời và khá dồi dào hải sản với nhiều loại cá, tôm hùm, tôm càng xanh, cua bể, mực, sò, ốc, hải sâm, ngọc trai, đồi mồi... Đặc biệt, trong các hang đảo thiên nhiên đã dâng tặng cho cụm đảo này một nguồn tài nguyên vô tận và vô cùng giá trị đó là Yến sào, tổ của một loại chim Yến có hàm lượng dinh dưỡng siêu việt, có tác dụng bồi bổ sinh lực, chữa bệnh rất tốt mà nhân dân địa phương đã biết khai thác và biến thành mặt hàng xuất khẩu nổi tiếng từ xa xưa.

            Trên đường đến với Cù Lao Chàm, du khách được hít thở bầu không khí trong lành của biển cả, ngắm nhìn những cánh Hải âu nô đùa trên sóng biển, từ xa xa, đảo xanh Cù Lao Chàm chập chờn trên mặt biển hiện dần, hiện dần đầy hấp dẫn. Thời gian lưu lại trên đảo, du khách không chỉ được thưởng thức những giá trị văn hóa của những di tích khảo cổ, các công trình kiến trúc độc đáo mà có thể leo núi, lên rừng hái quả, men theo ghềnh đá ngồi bình yên câu cá, tôm, cua bể rồi chế biến tại chỗ thành những món ăn dân dã thơm ngon. Hoặc thoải mái đắm mình trong làn nước mát trong của biển cả, phơi mình trên nền cát mịn của những bãi biển hoặc thả hồn theo những con suối thơ mộng mà tắm trong dòng nước ngọt lành. Đặc biệt, môi trường văn hóa nhân văn ở đây còn khá tốt bởi những người dân trên đảo hiền hòa, hiếu khách, còn bảo tồn được nhiều yếu tố văn hóa truyền thống đặc trưng của vùng đảo - ven biển miền Trung. Ngoài ra, với quần thể san hô - đá ngầm nằm khá yên lặng quanh những vịnh đảo, dưới độ sâu 1 - 20m, nếu được đầu tư thích đáng có thể sẽ là những điểm du lịch đáy biển - đại dương rất lý tưởng.

           Cù Lao Chàm quả là một cụm đảo dân cư có bề dày lịch sử nổi tiếng, có tiềm năng dồi dào về du lịch văn hóa - môi trường sinh thái độc đáo, chắc chắn thu hút nhiều khách tham quan du lịch trong và ngoài nước khi được đầu tư khai thác phù hợp trong tổng thể tuyến tham quan du lịch đô thị cổ Hội An ở miền Trung - Việt Nam.