Ngày 26/5/2009, tại cuộc họp lần thứ 21 của Ủy ban Chương trình Con người và Sinh quyển thuộc UNESCO đã chính thức ghi danh Cù Lao Chàm - Hội An vào mạng lưới Khu dự trữ sinh quyển thế giới. Theo hồ sơ công nhận, Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm - Hội An có 3 phân vùng chức năng gồm vùng lõi, vùng đệm và vùng chuyển tiếp. Toàn bộ cụm đảo Cù Lao Chàm, nơi có lịch sử cư trú lâu đời của cư dân nằm trong vùng lõi của Khu dự trữ sinh quyển. Có thể thấy, nơi đây, ngoài các giá trị nổi bật về đa dạng sinh học, nguồn tài nguyên di sản văn hóa do tiền nhân để lại cũng hết sức đặc sắc gắn liền với môi trường biển đảo.
Trong những thập niên qua, song song với công tác khảo sát, nghiên cứu nhận diện giá trị di sản văn hóa ở Cù Lao Chàm được chú trọng quan tâm, thì công tác quản lý, phát huy gắn với phát triển du lịch cũng được tăng cường đẩy mạnh.
Thám sát khảo cổ học di tích Bãi Ông năm 1999 - Ảnh Tư liệu
Về mặt di sản văn hóa vật thể, từ năm 1996, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di tích Hội An (nay là Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An) phối hợp với Khoa Lịch sử - Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Trường Đại học Khoa học xã hội và nhân văn - Đại học quốc gia Hà Nội) tiến hành điền dã khảo sát các di tích ở Cù Lao Chàm, đồng thời thu thập những thông tin về đời sống văn hóa biển đảo của cư dân nơi đây. Kết quả khảo sát đã thống kê được 25 di tích kiến trúc thuộc nhiều loại hình như đình, chùa, lăng, miếu, giếng cổ thời Đại Việt, 04 địa điểm/di tích liên quan đến lịch sử đấu tranh cách mạng và những dấu vết khảo cổ học về thời kỳ Tiền - Sơ sử, Champa. Với nhận thức tầm quan về vị trí địa lý của cụm đảo Cù Lao Chàm và qua những tư liệu lịch sử Trung Hoa, Arập, từ năm 1997, những đợt thám sát, thăm dò, khai quật khảo cổ học trên đảo Cù Lao Chàm được bắt đầu. Tại Bãi Làng, đã tiến hành thám sát các hố vào tháng 5/1997 và tháng 5/1998, khai quật vào tháng 5/1999. Kết quả đã khẳng định nơi đây là địa điểm dừng chân, trung chuyển quan trọng trên hải trình giao thương từ vùng Trung Cận Đông đến Champa và khu vực Đông Bắc Á vào thế kỷ VII - X. Nhằm xác định thêm tính chất và quy mô của di tích, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An cùng với Khoa sử - Trường Đại học Khoa học xã hội và nhân văn - Đại học Quốc gia Hà Nội phối hợp với Viện Văn hóa quốc tế - Đại học Nữ Chiêu Hòa (Nhật Bản) tiếp tục khai quật nghiên cứu di tích Bãi Làng vào năm 2017 và 2018. Tại khu vực sát chân núi Bãi Ông, 1 cuộc thám sát khảo cổ cũng diễn ra vào tháng 5/1999. Sau đó, vào tháng 6/2000 đợt khai quật khảo cổ được thực hiện tại đây. Kết quả nghiên cứu khảo cổ đã minh chứng Bãi Ông là địa điểm cư trú kết hợp với mộ táng của cư dân Tiền - Sơ sử có niên đại cách ngày nay hơn 3000 năm, đây là di tích khảo cổ có niên đại sớm nhất ở Hội An được biết đến hiện nay.
Bên cạnh hoạt động nghiên cứu nhận diện giá trị di tích trên đảo, việc nghiên cứu, nhận diện di sản văn hóa dưới lòng biển Cù Lao Chàm cũng được quan tâm sâu sắc. Từ năm 1997 - 1999, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam cùng đối tác nước ngoài phối hợp với tỉnh Quảng Nam và thành phố Hội An tổ chức nghiên cứu, khai quật tàu đắm cổ Cù Lao Chàm. Kết quả đã thu thập được khối lượng hiện vật đồ sộ với 240.000 đơn vị bao gồm đồ gốm men, đồ sành, đồ kim loại, đồ gỗ, đồ đá và di cốt người. Qua cuộc khai quật này đã góp phần nhận thức sâu sắc thêm về đồ gốm men Việt Nam thế kỷ 15 và vai trò, vị trí của Việt Nam trong con đường hàng hải quốc tế thời Trung đại. Sau này, việc nghiên cứu, khai quật di sản văn hóa dưới nước tại vùng biển Cù Lao Chàm tiếp tục được Bảo tàng Quảng Nam và Công ty Đoàn Ánh Dương thực hiện. Bên cạnh đó, năm 2016, Viện Khảo cổ học cũng tổ chức tập huấn thám sát khảo cổ học dưới nước bằng hình thức viễn thám tại đây.
Đến nay, ngoài di tích tàu đắm cổ, tại Cù Lao Chàm đã thống kê được 27 di tích kiến trúc, 2 di tích khảo cổ. Trong đó có 07 di tích được xếp hạng cấp quốc gia, 01 di tích được xếp hạng cấp tỉnh. Trong những năm qua nhiều di tích ở Cù Lao Chàm đã được đầu tư tu bổ, tôn tạo khang trang, đáp ứng yêu cầu văn hóa tín ngưỡng của cộng đồng cư dân như khu miếu tổ nghề yến, miếu Thành Hoàng, miếu Bà, miếu Bà Mộc, miếu Bà Bạch, đình Tiền Hiền, Chùa Hải Tạng, lăng Ông Ngư… Hầu hết các di tích đều được cắm mốc khoanh vùng bảo vệ và dựng bia thông tin về các giá trị lịch sử - văn hóa phục vụ nhu cầu tìm hiểu của nhân dân và du khách.
Tổ chức tham vấn cộng đồng về di sản văn hóa phi vật thể ở Cù Lao Chàm vào năm 2014. Ảnh Tư liệu
Trên lĩnh vực di sản văn hóa phi vật thể, nhiều hoạt động điều tra, khảo sát cũng được thực hiện tại Cù Lao Chàm như khảo sát về phong tục tập quán, điều tra về địa danh dân gian, kiểm kê nghề truyền thống chế biến thủy hải sản và nghề khai thác yến sào... Đặc biệt, thực hiện Chương trình 69/UBND ngày 16/7/2013 của UBND thành phố Hội An về Phát triển du lịch xã đảo Tân Hiệp đến năm 2015, định hướng đến năm 2020, năm 2014, Trung tâm Quản lý bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An tổ chức đợt điều tra, khảo sát và đề xuất giải pháp bảo tồn, phát huy di sản văn hóa phi vật thể tại Cù Lao Chàm. Trong đợt này, bên cạnh thu thập thông tin lịch sử, số liệu kinh tế - xã hội, nhiều loại hình di sản văn hóa được khảo sát nhận diện như văn hóa ẩm thực, nghề đan võng ngô đồng, nghề trồng lúa, tri thức sử dụng cây lá Lao, tri thức khai thác nguồn nước ngọt phục vụ sinh hoạt và sản xuất… Từ kết quả của đợt điều tra, khảo sát, Trung tâm đã biên tập, xuất bản tập Thông tin nghiên cứu Cù Lao Chàm tạo cơ sở dữ liệu lưu trữ và thông tin phổ biến phục vụ nhu cầu tìm hiểu nghiên cứu chuyên sâu hơn. Từ năm 2014 đến nay, bên cạnh việc thường xuyên thực hiện công tác tư liệu sự kiện lịch sử - văn hóa diễn ra trên địa bàn xã Tân Hiệp, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đều tổ chức các hoạt động nhận diện di sản văn hóa phi vật thể tại đây như: Kiểm kê một số nghề truyền thống vào năm 2014, sưu tầm ngữ văn dân gian vào năm 2019. Liên quan đến tri thức khai thác và sử dụng nguồn nước ngọt, đầu năm 2024, Trung tâm đã tiến hành hoạt động Khảo sát, đánh giá hiện trạng và đề xuất bảo tồn, phát huy hệ thủy cổ ở Cù Lao Chàm. Cuối năm 2020, trên cơ sở tham mưu của Trung tâm, UBND thành phố đã ban hành quyết định phê duyệt Phương án khảo sát, đề xuất phục hồi một số hình thái văn hóa phi vật thể đã bị mai một hoặc có nguy cơ bị mai một ở Cù Lao Chàm. Thực hiện quyết định này, năm 2022 Trung tâm đã tổ chức khảo sát biến đổi nếp sống ở Cù Lao Chàm, sắp tới sẽ tổ chức sưu tầm tri thức dân gian liên quan đến lĩnh vực biển đảo của cư dân Cù Lao Chàm.
Các lễ lệ, lễ hội truyền thống ở Cù Lao Chàm được phục hồi tổ chức bài bản, nhất là lễ hội Cầu ngư. Nhiều di sản văn hóa phi vật thể như nghề đan võng ngô đồng, các trò chơi dân gian được tổ chức thực hành, biểu diễn trong chương trình Đêm Cù Lao tạo thêm sức hấp dẫn đối với du khách di đến tham quan trải nghiệm tại đây. Vào tháng 2/2024, cùng với nghề làm nhà tre dừa ở Cẩm Thanh, nghề đan võng ngô đồng tại Cù Lao Chàm đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là Di sản văn hóa phi vật thể quốc gia.
Để thông tin, quảng bá giá trị lịch sử, di sản văn hóa Cù Lao Chàm, từ năm 2007 đến nay, nhiều phim tư liệu và ấn phẩm sách đã được biên soạn, xuất bản như Cù Lao Chàm - Vị thế, tiềm năng và triển vọng (2007), Di tích danh thắng Cù Lao Chàm (2007), Cù Lao Chàm (2018)… Năm 2019, hội thảo Cù Lao Chàm - Đa dạng tài nguyên thiên nhiên - văn hóa và phát triển bền vững được tổ chức, kỷ yếu hội thảo gồm 41 bài tham luận rất có giá trị về mặt khoa học.
Qua các công tác khảo sát, nghiên cứu, nhận diện có thể khẳng định di sản văn hóa ở Cù Lao Chàm rất đa dạng, phong phú, được hình thành, vun đắp qua nhiều gia đoạn, thời kỳ lịch sử. Đây là nguồn tài nguyên quan trọng góp phần phát triển kinh tế - văn hóa - xã hội địa phương theo hướng sinh thái - văn hóa - du lịch. Do vậy, trong thời gian đến công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hòa ở Cù Lao Chàm cần tiếp tục đầu tư và quan tâm hơn gắn kết chặt chẽ với công tác chuyển đổi số hiện nay.