Muộn nhất cũng vào thế kỷ XVII cư dân Việt đã đến cư trú tại Cù Lao Chàm, tập trung chủ yếu ở Bãi Làng, lập nên làng Tân Hiệp. Trải qua quá trình sinh sống và phát triển, cư dân đã lập nên nhiều di tích tôn giáo, tín ngưỡng với tổng số hơn 25 di tích. Cụm đảo Cù Lao Chàm vốn có một vị trí đặc biệt quan trọng đối với thương thuyền các nước trong hải trình vào ra hoặc ngang qua vùng Hội An. Đặc biệt về mặt tín ngưỡng đối với thương nhân các nước theo Phật giáo lại càng có ý nghĩa đặc biệt. Vì vậy, chùa Hải Tạng được xây dựng với mục đích đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của cư dân vùng đảo này nói riêng, đồng thời là nơi cho thương thuyền các nước ghé vào hành lễ nhằm cầu mong được phù hộ trên con đường làm ăn, buôn bán.
Chùa Hải Tạng quay mặt về hướng Tây - Tây Nam, lưng tựa vào núi, mặt tiền trước chùa là cánh đồng rộng lớn hay còn gọi là Cánh đồng chùa, nơi cư dân Cùa Lao Chàm trồng ruộng lúa để sinh sống. Chùa là một công trình kiến trúc tín ngưỡng tôn giáo thờ Phật kết hợp thờ thánh thần rất truyền thống và phổ biến ở Hội An. Nguyên lúc đầu chùa Hải Tạng được xây dựng ở vị trí cách hiện nay khoảng 200m về hướng Đông Bắc, sau vì do bão làm hư hại nhiều và để thuận tiện cho các tín đồ đến hành lễ, nên năm Tự Đức 1848 đã dời về vị trí hiện nay. Năm 2002 di tích được tu bổ phần chính điện, cũng như trải qua nhiều lần tu bổ nhỏ khác chùa đã giữ được nét cổ kính cho đến ngày nay.
Chùa Hải Tạng có kết cấu theo kiểu “tiền đường hậu điện”, các công trình chính gồm có tam quan, nhà Đông (đã bị hỏng), chính điện và hậu điện. Toàn bộ ngôi chùa được lợp ngói âm dương, hệ vì kèo kết cấu theo kiểu chồng rường giả thủ chia làm 3 lòng, bờ nóc đắp vẽ đồ án hoa văn lưỡng long tranh châu.
Chùa Hải Tạng thuộc thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh, nhưng cách bố trí thờ tự ở đây có sự khác biệt so với cách bố trí thờ tự của một số chùa thuộc Lâm Tế Chúc Thánh như chùa Vạn Đức, Chúc Thánh, Phước Lâm. Ở đây vẫn giữ cách bố trí thờ tự của thời kỳ Tam giáo đồng nguyên. Phía trước Tam quan đặt tượng Quan Âm Nam Hải được xây dựng gần đây. Tại Đại Hùng Bảo Điện thờ Tam thế Phật ở tầng trên cùng, tiếp đến là Thích Ca Mâu Ni, tầng dưới cùng là Ngọc Hoàng. Hành lang phía Tây chính điện bố trí tượng Long Thần, có người gọi là Già Lam Thánh Chúng và Địa Tạng. Hành lang phía Đông chính điện bố trí tượng Hộ pháp, Tam thánh gồm Quan Công, Quan Bình và Châu Xương. Trước đây chùa có thờ Thập Bát La Hán nhưng do chiến tranh tàn phá nên tượng bị vỡ và không còn thờ tại chính điện nữa. Hậu điện thờ Tổ sư Bồ Đề Đạt Ma và ký tự những người đã khuất.
Chùa Hải Tạng trước đây có Sư trụ trì, nhưng hiện nay không còn, thay vào đó là Ban trị sự địa phương quản lý và trông nom. Trưởng ban trị sự là ông Trần Duy Cảo, cùng hai Phó ban là ông Trần Cau và ông Nguyễn Thông. Cũng như bao ngôi chùa khác, hàng năm ở đây thường tổ chức những ngày lễ lớn của Phật giáo như ngày 15/1 cúng Cầu an, 15/4 lễ Phật đản, 15/7 lễ Vu Lan; vào các ngày 19/2, 19/6, 19/9 lễ vía Quan thế âm. Còn sinh hoạt của Phật tử tại đây diễn ra vào chiều thứ 7 hàng tuần, mọi người đến đọc kinh niệm phật và sinh hoạt. Hiện nay, chùa còn lưu giữ nhiều hiện vật, tư liệu có giá trị như tượng cổ, chuông đồng, bia đá, hoành phi…
Có thể nói, chùa Hải Tạng là di tích tín ngưỡng gắn liền với quá trình hình thành vùng đất Cù Lao Chàm, góp phần làm sáng tỏ đặc điểm lịch sử, văn hóa của đô thị thương cảng Hội An thế kỷ XVII-XIX. Chùa Hải Tạng còn là bằng chứng về quá trình giao lưu văn hóa - tôn giáo tín ngưỡng giữa các thành phần cư dân Hội An, giữa cư dân Hội An với bên ngoài. Hiện nay, hàng ngày chùa đón tiếp nhiều đoàn du khách trong nước, quốc tế đến tham quan và nghiên cứu.
Chú ý: Việc đăng lại bài viết trên ở website hoặc các phương tiện truyền thông khác mà không ghi rõ nguồn http://hoianheritage.net là vi phạm bản quyền