Tự ngàn đời xưa, vùng sinh thái - nhân văn trước núi giáp biển đã hình thành trên miền duyên hải miền Trung nói chung, vùng đất Hội An - xứ Quảng nói riêng. Nơi đây, những vùng đất cồn - bàu trên những dải cát nối tiếp nhau, hay nổi chìm trên những dòng sông, hạ lưu, cùng với bao nền văn minh, văn hóa. Con người đã dựng nên sinh cảnh làng mạc, cảng thị, với hệ thống trao đổi ven sông cửa biển; và để lại những di sản qua các thời đại, rực rỡ với văn hóa Sa Huỳnh, văn hóa Champa, văn hóa Đại Việt, được giao lưu, tiếp biến, rồi giao hòa với văn hóa Ấn Độ, Trung Hoa, Nhật Bản, phương Tây,…
Dưới góc độ địa - văn hóa, nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng, địa hình miền Trung hẹp chiều ngang tây - đông với giới hạn Trường Sơn nam - tây, biển khơi - đông. Mô hình hóa địa thế này sẽ có một trục dọc hẹp được phân cách và nối với nhau bởi những đèo - nhánh núi chạy cắt ngang từ dãy Trường Sơn trải dài theo chiều dọc, trong nhiều yếu tố tự nhiên, sinh thái tác động đến nền văn hóa bất kể ở giai đoạn lịch sử nào. Bảy hằng số địa lý của phức hệ sinh thái nơi đây - miền Trung đó là: Núi đồi - đèo - sông - biển - cồn - bàu - đầm phá.
Các nhà địa chất cho rằng, vùng đồng bằng ven biển miền Trung được hình thành vào đầu kỷ Đệ Tứ (cách ngày nay khoảng 2 triệu năm). Quá trình vận động tân kiến tạo đã tác động mạnh vào sự hình thành vùng đất này. Các vụng biển được lấp đầy, song vẫn để lại một dòng nước lợ chảy dọc ven biển bên cạnh những cồn cát, bàu nước… Những cư dân cổ đầu tiên ở vùng ven biển đã tìm những gò đất, gò cát để làm nơi trú ngụ sinh sống. Vận động nâng lên làm dãy Trường Sơn nghiêng về phía tây nên đã nâng nền đá gốc lên, làm cho biển lùi ra xa, tạo điều kiện cho phù sa sông và phù sa biển tích tụ dần trong hàng ngàn năm, lấp đầy vụng biển nông cổ. Sự bồi tụ này diễn ra rất chậm, người xưa có thể chứng kiến được hoạt động của nó.
Dựa theo kết quả khảo sát của nhiều tài liệu địa chất (đặc biệt của Đoàn địa chất 206 đóng tại Hội An), do nhiều nguyên nhân, yếu tố tác động khác nhau mà địa hình ở khu vực Hội An có nhiều loại hình nguồn gốc khác nhau.

Sông Để Võng nhìn từ cầu An Bàng - Ảnh: Hồng Việt
Địa hình nguồn gốc sông: Do các thành tạo tích tụ và tách thành 2 dạng: Bãi bồi, có độ cao từ 1 - 1,5m, cấu tạo chủ yếu là cát, được phân bố rộng rãi ở Thanh Hà, Cẩm Hà, Cẩm Châu, Cẩm Nam, Cẩm Kim (cũ). Nhiều nơi đang bị dòng sông đào khoét, xâm thực. Nhiều vị trí của bãi bồi này đã bị phá hủy hoàn toàn để sau đó lại bị các thành tạo trẻ hơn lấp đầy với giả định tuổi khoảng 100 - 300 năm; các bãi cát ven sông, là các thành tạo nằm ven lòng sông và các đảo giữa sông hiện nay. Chúng mới được thành tạo trong khoảng thời gian gần đây (dưới 100 năm) và rất dễ bị thay đổi, thậm chí có thể sau một mùa mưa các bãi này đã bị biến dạng.
Địa hình nguồn gốc sông - đầm lầy: Được hình thành bởi các thành tạo trầm tích lấp đầy các đoạn sông trước đây, do chúng là các đoạn sông chết - sông mất nguồn hoặc là dấu vết của các khúc uốn sinh ra trong quá trình di chuyển ngang của dòng sông. Ở khu vực Hội An có thể chia được 3 bề mặt tích tụ có nguồn gốc sông - đầm lầy: Bề mặt tích tụ có tuổi 300 - 2000 năm, phân bố chủ yếu ở phía tây và một vài mảnh sót ở Cẩm Hà, Cẩm Kim (cũ). Độ cao bề mặt 2 - 2,5m; bề mặt tích tụ có tuổi 100 - 300 năm, phân bố từng dải liên tục, kéo dài từ tây sang đông, đến sát trung tâm Hội An, ở phía bắc dòng Thu Bồn, một số sót lại của bề mặt này còn ở Cẩm Kim (cũ). Độ cao bề mặt khoảng 1,5 - 2m; các bề mặt tích tụ thấp, có tuổi khoảng 100 năm trở lại đây, phân bố từng dải hẹp, nhiều nơi còn sót lại những đoạn sông ngắn, uốn lượn quanh co, quá trình tích tụ còn đang tiếp diễn, hoàn thiện. Nhìn chung, sự phân bố các bề mặt tích tụ nguồn gốc sông - đầm lầy (nhất là tuổi từ 300 năm trở lại đây), chúng chính là hệ thống các dòng sông cổ.
Địa hình nguồn gốc biển: Địa hình nguồn gốc này chiếm phần lớn diện tích khu vực Hội An, gồm 3 thành tạo tích tụ: Bề mặt tích tụ cao 5 - 7m, phân bố ở cả phía bắc và nam sông Thu Bồn, song song với đường bờ biển và chúng được hình thành vào thời kỳ biển tiến Holocen trung, đạt tới mức cực đại, tuổi tác định khoảng 4.000 - 6.000 năm. Khu phố cổ Hội An được xây dựng trên các phần cao của bề mặt tích tụ này; bề mặt tích tụ cao 2 - 4m, phân bố từng dải hẹp ở phía đông khu vực Hội An thuộc Cẩm Châu, Cẩm An, Cửa Đại (cũ)... Chúng được hình thành trong thời kỳ biển lùi sau đạt mức cực đại để tạo nên bề mặt tích tụ cao 5 - 7m, tuổi xác định trong khoảng 2.000 - 4.000 năm; bề mặt tích tụ cao 1 - 2m là bề mặt có tuổi trẻ nhất, chúng kéo dài thành dải hẹp ngay sát bờ biển, ngày nay lại bị sóng biển phá hủy, xếp trong tuổi khoảng 2.000 năm.
Địa hình nguồn gốc sông biển: Loại địa hình này cũng rất phổ biến trong khu vực, theo đặc trưng có thể chia ra 3 bề mặt tích tụ: Bề mặt tích tụ sông biển cao 4 - 6m, nằm về phía tây Hội An, thuộc một số nơi của Điện Bàn, Duy Xuyên (cũ); bề mặt tích tụ sông biển cao 2 - 3m, phân bố dọc sông Thu Bồn và bị dòng Thu Bồn đào khoét, phá hủy chia cắt sót lại những chỏm, những mảnh sót này có ở Thanh Hà, Cẩm Kim (cũ), tuổi khoảng 2.000 - 4.000 năm; bề mặt tích tụ sông biển cao 1 - 2m, phân bố gần cửa sông hiện nay thuộc Cẩm Thanh, Cẩm Nam (cũ). Đây chính là các đảo cửa sông hoặc các bề mặt tích tụ được hình thành theo cơ chế delta lấp đầy, có tuổi từ 300 - 2.000 năm về trước.
Địa hình nguồn gốc biển - đầm lầy: Các dạng địa hình nguồn gốc này phân bố về phía đông khu vực Hội An thuộc Cẩm Thanh, Cẩm Châu, Cửa Đại, Cẩm An (cũ) và một dải chạy dọc song song với bờ biển phía nam sông Thu Bồn. Độ cao tuyệt đối cả bề mặt chỉ là 0,8 - 1,2m, thực chất của dạng địa hình này là các vùng biển cổ. Sau khi mực nước biển rút xuống chúng còn sót lại dưới dạng đầm lầy, sau dần bị lấp, có nguồn gốc dưới 2.000 năm.
Địa hình nguồn gốc biển - gió: Thực chất đây là các dạng địa hình nguồn gốc biển, sau đó bị gió tác động, vun cát lên thành các cồn cao hơn. Độ cao 8 -20m, chúng được phân bố dọc dãy cồn cát cao ở phía đông Trung Phường - Duy Xuyên (cũ).

Đồng Lúc - sông Đình nhìn về Câu Dắp - Ảnh: Quang Ngọc
Địa hình nguồn gốc sông - biển - đầm lầy: Nằm ở phần đất thấp ở phía đông Cẩm Thanh (cũ) và hiện nay còn đang chịu tác động của thủy triều, nước sông. Từ các thành tạo cửa sông và biển, sau đó bị lầy hóa do phát triển các loại thực vật nước lợ như dừa nước. Hiện nay ở đây là một vùng lầy ven biển. Dạng địa hình này mới được thành lập trong thời gian gần đây.
Địa hình nguồn gốc hồ - đầm lầy: Đây là dấu vết của các lạch trũng xen giữa các cồn cát biển trước đây và do thoát khỏi mực nước biển đã lâu nên nước đã trở nên ngọt hơn, tạo điều kiện cho thực vật phát triển và dần dần biến thành đầm lầy. Dạng địa hình này phân bổ hạn chế, nằm về phía tây và phía bắc khu vực Hội An, trong phạm vi dải cát cao 5 - 7m.
Có thể nói, việc dẫn đến phân bố các thành tạo địa hình với nhiều nguồn gốc nêu trên ở khu vực Hội An gắn liền với việc hình thành các thành tạo trầm tích đệ tứ và được phân chia thành từng thời kỳ, tương ứng với giai đoạn lịch sử: Giai đoạn trước Công nguyên và giai đoạn đầu Công nguyên đến thế kỷ XVI - XVII. Các thời kỳ biển tiến, lùi nêu trên ở khu vực Hội An, cùng với những hoạt động của hệ thống sông Thu Bồn, Vu Gia,... ngày nay vẫn không ngừng tích tụ các trầm tích hỗn hợp sông biển, gây hiện tượng chuyển dời mạnh mẽ hoặc làm lấp đầy, chấm dứt việc lưu thông của các nhánh sông như các sông Để Võng, sông Đò, sông Thanh Hà ở khu vực Hội An.
Theo các nhà địa chất, một trong những đặc điểm khác về địa hình của vùng đồng bằng xứ Quảng nói chung và Hội An nói riêng đó là ở giữa những dãy cồn cát di động xuất hiện những dải đất trũng, nước ngọt khá rộng gọi là “bàu”. Chúng là nguồn gốc của những vụng biển nhỏ nằm song song với đường bờ biển và thông với biển qua những “cửa” vụng nhất định. Sự xâm lấn của các cồn cát di động và do các cửa ngày càng bị bịt kín làm cho chúng (các vụng biển) bị cô lập với biển mà trở thành hồ. Các cửa bị vùi dưới cát được nhân dân địa phương gọi là “cửa lấp”.
Như vậy, khu vực Hội An có vùng địa hình đồng bằng ven biển - hạ lưu sông Thu Bồn - Vu Gia (gồm: Địa hình vùng cồn cát - cồn bàu; địa hình vùng thấp - trũng - cồn bãi ven sông; và địa hình vùng ngập nước - mặt nước sông ngòi/cửa sông ven biển) và vùng biển - đảo Cù Lao Chàm.
Từ vị trí này, đã đưa Hội An trở thành một vùng đất hiếm có, độc đáo ở miền Trung - Việt Nam, với diện tích không rộng nhưng khá đa dạng về địa hình - địa mạo, vùng địa chất, cảnh quan tài nguyên, hệ sinh thái - tự nhiên. Bao gồm tài nguyên địa chất cảnh quan, hệ sinh thái vùng cồn cát/cồn - bàu; tài nguyên địa chất cảnh quan, hệ sinh thái vùng cồn - bãi ven sông; tài nguyên địa chất cảnh quan, hệ sinh thái vùng cửa sông - ven biển (thuộc đới biển ven bờ) - vùng bờ biển; và tài nguyên cảnh quan địa chất, hệ sinh thái vùng biển và đảo.
Có thể nói, do đặc điểm về vị trí địa lý, cấu trúc địa chất,... làm cho địa hình - địa mạo của Hội An có cấu trúc khá đa dạng, vừa có đồng bằng vừa có biển; vừa có hải đảo tạo nên nguồn tài nguyên thiên nhiên dồi dào về lâm, thổ, hải sản... Phần lớn diện tích Hội An được bao bọc bởi hệ thống sông lớn nhỏ, mương lạch chằng chịt và bị chia cắt bởi những bãi, nổng, trảng, cồn cát; những bàu, đầm, hói, mương, vũng, ao,...
Lê Bá Thảo (2002), Thiên nhiên Việt Nam, Nxb Giáo dục, tr.210.