Trong Ngoại giao văn thư tập của Mạc phủ Tokugawa, lá thư đầu tiên tìm thấy trong phần “An Nam Quốc” là lá thư của Nguyễn Hoàng gửi cho Tokugawa Ieyasu vào năm 1601. Cùng năm này, Tokugawa Ieyasu cũng đã viết thư trả lời cho Nguyễn Hoàng, trong thư có nói đến vấn đề thuyền buôn của Nhật Bản in hình tượng Châu Ấn
(ấn màu đỏ). Cho đến khi có lệnh tỏa cảng năm 1635, Mạc phủ Tokugawa đã có 365 Châu Ấn thuyền xuất dương, trong đó có 37 thuyền cập bến Đông Kinh
(Đàng Ngoài) và 71 thuyền cập bến Hội An
(Đàng Trong). Di tích Chùa Cầu - Tương truyền do người Nhật xây dựng vào Thế kỷ 17
Trong tác phẩm Xứ Đàng Trong năm 1621, Critofoo Borri đã chép rằng, “Để tiện cho việc buôn bán, chúa Nguyễn cho phép người Trung Hoa và người Nhật lập một thành phố. Thành phố này gọi là Faifoo, nó lớn đến độ người ta có thể nói được là có hai thành phố, một của người Trung Hoa, một của người Nhật Bản. Mỗi khu phố có khu vực riêng, có quan cai trị riêng và sống theo phong tục riêng”. Một số kết quả nghiên cứu cho biết, vào đầu thế kỷ XVII, ở khu phố người Nhật tại Hội An có chừng 300 người Nhật sinh sống. Nhiều thương nhân Nhật Bản đã định cư tại Hội An, xây dựng gia đình với người Việt, chung tay góp sức cùng nhân dân địa phương xây dựng và phát triển vùng đất Hội An liên tục trong nhiều thế kỷ. Nhiều di tích vật thể hiện còn ở Hội An đã chứng minh sinh động về mối quan hệ giao lưu văn hóa Việt Nam - Nhật Bản sâu đậm này như di tích chùa Cầu tương truyền được người Nhật xây dựng đầu thế kỷ XVII, mộ các thương nhân Gu Sokukun, Tani Yajirobei, Banjiro, gương đồng, tiền đồng Nhật Bản thế kỷ 17, gốm sứ Hizen,…
Cùng với các di tích vật thể là những câu chuyện cảm động về mối tình giữa những thương nhân Nhật Bản với các cô gái phố Hội, là truyền thuyết về con Cù đầu ở Ấn Độ đuôi ở Nhật Bản, là tên các gọi như tương Nhật Bản, trính Nhật Bản, rau Nhật Bản cùng nhiều nguồn tư liệu Folklore khác vẫn được lưu truyền, gìn giữ trong cuộc sống thường ngày của người dân Hội An…
Nối tiếp truyền thống hữu nghị hợp tác tốt đẹp trong lịch sử, trong những năm qua các tổ chức và chuyên gia Nhật Bản đã đến Hội An để hợp tác nghiên cứu khoa học, tu bổ di tích, tổ chức hội thảo, tập huấn, tư vấn kỹ thuật, chuyển giao công nghệ và tiến hành nhiều hoạt động khác nhằm bảo tồn và phát huy bền vững di sản văn hóa Hội An.
Đĩa sứ Hizen (Nhật Bản) Thế kỷ 17, được phát hiện ở Hội An
Ngay từ thập niên 80 thế kỷ 20, các tổ chức hữu nghị Nhật Bản - Hội An đã đến với Hội An. Năm 1990, với sự hỗ trợ của các tổ chức và Hội Bạn hữu Nhật Bản, hội thảo quốc tế về Hội An đã được tổ chức thành công và tạo điều kiện thuận lợi về cơ sở khoa học để đẩy nhanh quá trình đến với danh hiệu Di sản Văn hóa Thế giới. Đặc biệt, từ năm 1992 - 1993, sự hợp tác trong lĩnh vực nghiên cứu, bảo tồn Đô thị cổ Hội An giữa Nhật Bản và Hội An được đẩy mạnh với sự tham gia đầy nhiệt tình của các giáo sư, sinh viên các trường Đại học Nữ Chiêu Hòa, Đại học Chiba và nhiều cơ quan, trường học của Nhật Bản. Sự hợp tác này được bắt đầu khởi xướng bởi các giáo sư Moto Furata, Akira Matsumoto, Ogura Sadao, Hiromichi Tomada, Yuichi Fukukawa cùng nhiều giáo sư, tiến sĩ, nhà chuyên môn Nhật Bản khác,... và đã mang lại hiệu quả thiết thực trên nhiều lĩnh vực. Các bạn hữu và cơ quan chuyên môn Nhật Bản đã tổ chức nhiều cuộc triễn lãm ảnh, tranh về Hội An, quay nhiều cuốn phim tư liệu và nghệ thuật để giới thiệu Hội An đến với bè bạn thế giới, giúp đỡ phương tiện, kỹ thuật để xây dựng Bảo tàng Gốm sứ Mậu dịch ở Hội An,... Việc hợp tác nghiên cứu trên các lĩnh vực điều tra, khảo sát kiến trúc, tu bổ di tích, khảo cổ,... được đẩy mạnh, tạo cơ sở khoa học cho việc bảo tồn di sản văn hóa Hội An ngày càng tốt hơn. Nhiều cuộc hội thảo, tập huấn về bảo tồn di sản văn hóa với sự hỗ trợ của các bạn hữu Nhật Bản đã được tổ chức tại Hội An cũng như tại NHật Bản, qua đó, góp phần nâng cao nhận thức chung của cộng đồng về giá trị của Đô thị cổ Hội An cũng như trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ làm công tác quản lý, bảo tồn di tích địa phương. Trong đó, tiêu biểu là hội nghị quốc tế về Bảo tồn và tôn tạo phố cổ Hội An năm 1994, hội thảo quốc tế về Bảo tồn khu phố cổ Hội An và điều tra nhà ở dân gian Việt Nam năm 2000, tập huấn quốc tế về Bảo tồn phố cổ tại Hội An năm 2003, hội thảo quốc tế về Trao đổi kinh nghiệm bảo tồn di sản văn hóa năm 2004.
Ngoài ra, các tổ chức Nhật Bản, cụ thể là Tổ chức Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA), Hội Bạn hữu cho Hội An, Hội kiến trúc sư Nhật Bản, tập đoàn Taisei, tổ chức Toyota Foundation, trường Đại học Nữ Chiêu Hòa, trường Đại học Chiba... đã giúp đỡ về tài chính và kỹ thuật để Hội An tiến hành 2 chương trình nghiên cứu về khảo cổ học và lịch sử văn hóa, tu bổ di tích xuống cấp. Tổ chức JICA thường xuyên cử các tình nguyện viên có kinh nghiệm đến trực tiếp phối hợp làm việc với một số cơ quan chuyên môn tại Hội An. Việc tham quan học tập kinh nghiệm, xúc tiến các quan hệ hợp tác đã được tổ chức thường xuyên giữa một số địa phương của Nhật Bản với Hội An, góp phần thúc đẩy quan hệ hữu nghị ngày càng sâu sắc và bền chặt. Các hoạt động lễ hội, giao lưu văn hóa nghệ thuật giữa các bạn Nhật Bản với Hội An cũng đã được xúc tiến nhằm tạo nên sự hiểu biết lẫn nhau giữa hai cộng đồng dân cư vốn có truyền thống giao lưu văn hóa từ lâu đời. Năm 1998, nhân kỷ niệm 25 năm quan hệ ngoại giao Việt Nam - Nhật Bản, các hoạt động giao lưu văn hóa Việt Nam - Nhật Bản được tổ chức đầu tiên tại Hội An. Đặc biệt, từ năm 2003, “Những ngày giao lưu văn hóa Việt Nam - Nhật Bản” được tổ chức thường xuyên hằng năm tại Hội An. Đây là hoạt động giao lưu có sức hấp dẫn, thu hút mạnh mẽ nhiều đối tượng công chúng, khán giả, đang trở thành một hoạt động văn hóa độc đáo của Hội An và có triển vọng trở thành một hoạt động văn hóa tầm cỡ quốc gia hàng năm.