Sau khi tham dự giới đàn ở Huế, Quảng Nam, thiền sư Thạch Liêm cư trú ở Hội An một thời gian ngắn rồi trở về nước, trong khi đệ tử của Thiền sư là Hưng Liên trụ trì chùa Tam Thai viên tịch dẫn đến sự truyền thừa của dòng Tào Động tại Hội An, Quảng Nam xem như không còn. Mãi đến khi thiền sư Minh Hải khai sơn chùa Chúc Thánh và dòng Thiền Lâm Tế Chúc Thánh thành lập thì tình hình Phật giáo Hội An mới ổn định và phát triển. Thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh ra đời cuối thế kỷ XVII, gắn với sự kiện Thiền sư Minh Hải - Pháp Bảo đời 34 dòng Lâm Tế khai sơn chùa Chúc Thánh ở Hội An. Thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh phát tích tại Hội An, Quảng Nam và nhanh chóng được truyền bá rộng rãi tại các tỉnh miền Trung và Nam Việt Nam, thậm chí còn phát triển mạnh tại nước ngoài.
Bên cạnh sự tồn tại của Thiền phái Lâm tế Chúc Thánh, ở Hội An còn có sự hiện diện của hệ phái Nam Tông và Hệ phái khất sĩ, tuy nhiên hai hệ phái này hình thành và phát triển muộn hơn vào những năm 60 của thế kỷ XX. Theo các tư liệu cho biết, ngôi chùa được thành lập sớm nhất là chùa Chúc Thánh, khoảng cuối thế kỷ XVII (1684). Trong khi đó, tịnh xá thuộc hệ phái Khất sĩ thành lập sớm nhất là Tịnh xá Ngọc Châu vào năm 1959, chùa thuộc hệ phái Nam Tông là Nam Quang tự thành lập vào năm 1969.
Hiện nay, theo thống kê, có khoảng 25 cơ sở Phật giáo gồm chùa, tịnh xá phân bố rộng khắp trên địa bàn 13 xã/phường ở Hội An. Số lượng tín đồ theo đạo Phật khoảng 12.000 người. Hàng năm, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo thành phố và các chùa, tịnh xá trên địa bàn tổ chức lễ Phật đản, lễ Vu Lan một cách trang trọng với nhiều hoạt động như trai đàn bạt độ, cầu siêu, phóng sanh, thả hoa đăng, sinh hoạt trại Gia đình Phật tử...; đồng thời tổ chức các khóa tu, trại bồi dưỡng dành cho Huynh trưởng, đoàn sinh. Bên cạnh đó, các đạo tràng tổ chức tháng an cư kiết hạ tại các chùa Chúc Thánh, chùa Bảo Thắng, tịnh xá Ngọc Cẩm và tịnh xá Ngọc Châu...
Nhiều thế kỷ trôi qua, Phật giáo đã để lại dấu ấn khá sâu đậm trong lòng người Hội An. Trong tâm tưởng họ, hình tượng được ngưỡng mộ nhất là Phật A Di Đà và Quán Thế Âm Bồ Tát. Vì vậy, họ luôn quan tâm đến ngày vía A Di Đà (15/1 âm lịch), Ngày lễ Phật Đản (15/4 âm lịch), Ngày lễ Vu Lan (15/7 âm lịch). Những ngày này họ đến chùa dâng hương, bái, lễ, cầu mong gia đạo bình an, cầu nguyện giải thoát cho vong linh tổ tiên, ông bà, cha mẹ, những người quá cố,… và những ngày này trở thành ngày hội của những Phật tử ở Hội An.
Nhìn chung, Phật giáo ở Hội An hình thành và phát triển khá sớm trong lịch sử. Nhiều ngôi chùa, tịnh xá vẫn giữ được những nét kiến trúc cổ kính truyền thống, lưu giữ nhiều tư liệu, hiện vật có giá trị lịch sử - văn hóa như bia ký, chuông, tượng, kinh Phật, mộc bản in kinh Phật… và trở thành địa điểm sinh hoạt văn hóa - tín ngưỡng của nhân dân, trong đó một số chùa được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia như chùa Chúc Thánh, chùa Phước Lâm, chùa Vạn Đức, chùa Viên Giác. Hệ thống chùa, tịnh xá góp phần làm phong phú thêm loại hình tham quan du lịch tại đô thị cổ Hội An.
Chú ý: Việc đăng lại bài viết trên ở website hoặc các phương tiện truyền thông khác mà không ghi rõ nguồn http://hoianheritage.net là vi phạm bản quyền