Mộ Chí sĩ Trần Quý Cáp ở làng Bất Nhị, sau khi được cải táng. (Ảnh do Bảo tàng Điện Bàn cung cấp)
Năm 1906, Trần Quý Cáp được bổ chức Giáo thụ Thăng Bình, Quảng Nam.
Ở cương vị Giáo thụ, Trần Quý Cáp đã làm một cuộc cách mạng giáo dục, phổ biến tân học, vận động Duy Tân, được quần chúng hưởng ứng mạnh mẽ, gây tiếng vang lớn khiến cho giới cựu học phải gai mắt, nhà cầm quyền xem như kẻ thù, do đó năm 1907 mới điều ông vào làm Giáo thụ Ninh Hòa (Khánh Hòa) nhằm mục đích tách ông ra khỏi phong trào cách mạng đang sôi sục ở Quảng Nam.
Vào đến nhiệm sở mới, Trần Quý Cáp vẫn hăng hái diễn thuyết và hô hào lập trường tân học.
Năm 1908, cuộc dân biến nổ ra ở Quảng Nam rồi lan nhanh đến các tỉnh khác của Trung Kỳ. Mặc dù phong trào chưa nổi lên ở Khánh Hòa và dù không tìm ra bằng chứng, thực dân Pháp và quan lại Nam triều vẫn bắt giam Trần Quý Cáp và xử chém một cách vội vàng.
Châu bản triều Duy Tân tập VII, tờ 158-159, đã ghi bản án như sau:“Trần Quý Cáp là người trong hàng khoa mục, dám mưu toan làm việc bất quỹ (không đo lường, xét đoán – ĐNCT), trước khi cùng Huỳnh Thúc Kháng, Phan Châu Trinh và Hoàng Thượng Trung lén theo nước khác (Nhật Bản), mưu làm phản nghịch, tuy mưu mà chưa thực hành... Vậy Trần Quý Cáp, xin chiếu luật mưu phản đại nghịch, xử lăng trì, xử tử...” (Nguyễn Thế Anh, Phong trào kháng thuế miền Trung năm 1908 qua các châu bản triều Duy Tân, tr.105,106).
Vậy ai là người chủ mưu trong vụ sát hại Chí sĩ Trần Quý Cáp?Theo Phan Châu Trinh, trong bản điều trần bằng Pháp văn, ngày 08/4/1912 tại Paris về “Vụ giết hại nhà nho nổi tiếng Trần Quý Cáp” có viết: “... Thủ phạm của vụ mưu sát này đã được tôi nêu đích danh nhiều lần, chính là Phạm Ngọc Quát, lúc bấy giờ là Bố chánh của tỉnh Khánh Hòa. Hắn là bậc thầy về gian xảo. Khi quan toàn quyền Beau ra lệnh khuyên bảo dân chúng mở trường học và lập các công ty thương mại, Phạm Ngọc Quát liền không bỏ lỡ cơ hội để tỏ ra sốt sắng, nhằm được thăng quan tiến chức và được đồng bào khen ngợi. Hắn đã hướng dẫn cho dân chúng trong tỉnh thực hiện các ý định của vị quan đứng đầu thuộc địa và đã cử nạn nhân sau này của hắn là ông Trần Quý Cáp đến với dân, khuyến khích dân lập các hội buôn. Về phần mình, hắn thu gom vốn tại tỉnh Bình Thuận. Giữa lúc đó, bỗng xảy ra các cuộc biểu tình ở Quảng Nam và sau đó, chính quyền đã thiết lập trong tất cả các tỉnh có trường học và hội buôn một chế độ trấn áp nho sĩ. Phạm Ngọc Quát sợ phải trả lời về những chỉ thị mà hắn đã gửi đến ông Trần Quý Cáp có liên quan đến những trường học và hội buôn được thành lập. Hắn đón trước trách nhiệm của mình về việc trên bằng cách thủ tiêu ông Trần Quý Cáp trong một cuộc hành quyết vội vàng và trắng trợn, vì ông có thể là một nhân chứng gây nhiều rắc rối cho hắn…” (Lê Thị Kinh, Phan Châu Trinh qua những tài liệu mới, T1, Q4, tr.274, 275)
Trong “Cuộc đời và hoạt động của chí sĩ Trần Quý Cáp”, ông Trần Huỳnh Sách, người đã theo học với Trần Quý Cáp hơn 15 năm đã viết: “Bọn quan tỉnh Khánh Hòa lúc bấy giờ có Án sát Nguyễn Văn Mại vốn đã có tư thù với tiên sinh trong khi y làm Bố chánh tỉnh Quảng Nam, cùng với Bố chánh Phạm Ngọc Quát nắm lấy cơ hội, tha hồ cho chúng trổ tài nịnh hót để rồi cầu cho mau mau tấn chức thăng quan. Chúng cho bắt tiên sinh giam vào ngục, rồi một mặt cho vào nhà lục soát các thư từ qua lại để tìm cho ra một manh mối để làm tang chứng. Chúng soát được một cái thơ của tôi vừa mới gửi vào cho tiên sinh trong vẻn vẹn chỉ có mấy câu: “Ngô hạt Đại Lộc sĩ phu tổ chức khất sưu, tuần nhựt diên cập toàn kỳ, thử ngô bối bình nhựt, tư tưởng chi sở bất cập” (Sĩ phu huyện Đại Lộc tỉnh ta tổ chức xin xâu tuần nhựt mà gần khắp Trung Kỳ, sự ấy bình nhựt chúng ta không nghĩ đến).
Còn Tri phủ Điện Bàn là Trần Văn Thống vốn có tư thù với Trần Quý Cáp về bài thơ “Cái trống” nên đã xui việc đổi ông vào Khánh Hòa. Sau đó, Thống bị dân phủ Điện Bàn làm nhục trong việc xin xâu nên khi dẫn lính đến lục soát nhà Cử nhân Phan Thúc Duyện ở làng Phong Thử bắt được lá thư của Trần Quý Cáp mới gửi về liền đưa ngay vào cho quan tỉnh Khánh Hòa kết tội. Trong thư chỉ có câu: “Cận văn ngô châu thử cử, khoái thậm! khoái thậm!” (Gần đây được nghe tỉnh ta cử hành việc ấy, sướng lắm! sướng lắm!).
Không biết có phải vì tư thù mà Án sát Nguyễn Mại đã nhúng tay vào việc kết án Trần Quý Cáp như Trần Huỳnh Sách đã nói hay không?
Trong Lô Giang tiểu sử, Nguyễn Mại đã giãi bày về vụ án Trần Quý Cáp. Ông nói rằng đối với Trần Quý Cáp, ông có tình thầy trò. Lúc Trần Quý Cáp bị bắt giam ở Khánh Hòa, ông đang bị đau mắt, theo lời yêu cầu của công sứ, ông đã giao những giấy tờ của Trần Quý Cáp đã gửi cho ông cho Tòa tỉnh. Sau khi ông khỏi bệnh về tỉnh xét lại những giấy đó thấy không có gì là phiến động.
Nguyễn Mại nói, do Ấm Trực - một thanh niên ở Khánh Hòa - khi bị tra tấn đã khai rằng, năm trước đồng bối với Trần Quý Cáp có nhiều người vào Khánh Hòa muốn đáp tàu Nga để sang Nhật Bản, nên Công sứ đã lấy đó làm bằng chứng. Nguyễn Mại còn viết: “Ôi! Ta có lòng nào giết Trần quân, mà Trần quân chết lại do tay ta” (Lô Giang tiểu sử, tr.128, 129,130, 131).
Lời thanh minh của Nguyễn Mại nghe chí tình nhưng còn sự thực trắng đen thế nào thì chưa nói được vì chưa có bằng chứng chính xác.
Sau khi Trần Quý Cáp bị tử hình, Phạm Ngọc Quát được thăng Tuần vũ Hà Tĩnh còn Nguyễn Mại thăng Bố chánh tỉnh Khánh Hòa. Nguyễn Mại lại đệ lên Phủ Phụ chính bản án kết tội Nguyễn Văn Khoa, một nhân sĩ của phong trào Duy Tân “... khích biến lương dân, đem làm tùng phạm, xử giảo giam hậu...” (Nguyễn Thế Anh, sđd, tr. 112).
Cũng trong sách “Phan Châu Trinh qua những tài liệu mới” bà Lê Thị Kinh có chú thích: “Trực tiếp quyết định giết cụ Trần là Khâm sứ và Công sứ Khánh Hòa... Trong các báo cáo gửi Bộ Thuộc địa năm 1908, Toàn quyền lâm thời Bonhoure đã khen ngợi hành động kiên quyết và nhạy bén này của Khâm sứ” (T1, Q4, tr.272).
Những tài liệu trên cho thấy chính thực dân Pháp đã quyết định bản án “Mạc tu hữu” còn quan lại Nam triều vì tư thù, tư lợi, đã tiếp tay cho kẻ thù sát hại Trần Quý Cáp.
Ông bị chém ngày 17 tháng 5 năm Mậu Thân (1908) bên cầu Phước Thạnh, sông Cạn, tỉnh Khánh Hòa trong tư thế hiên ngang của người anh hùng thung dung tựu nghĩa.
Kẻ thù tưởng rằng giết Trần Quý Cáp là dập tắt được phong trào, nhưng chúng đã lầm! Lịch sử đã chứng minh một cách hùng hồn rằng: Tấm lòng tận trung báo quốc cùng tinh thần cách mạng của ông vẫn tiếp tục được gìn giữ và phát huy ở mỗi người dân Việt.