Lần tu bổ tam quan chùa Bà Mụ gần đây nhất là vào năm Khải Định năm thứ 7 (tức năm 1922). Bia tu bổ di tích lập năm này hiện đặt trong nhà bia phía trước non bộ ở sân chùa Quan Âm (Minh Hương Phật tự) có ghi: “Cảnh hai cung càng thấy mỹ quan đủ thấy khí hùng tráng phong tư văn hóa trong làng. Khách bác cổ Âu, Á đến du lãm chẳng ai là không khen, chụp ảnh cho là kiến trúc đẹp nhất Quảng Nam. Lâu ngày phải sửa lại, thức giả đều nói: bảo tồn cổ tích ngày nay là một vấn đề lớn, người trước dựng nên, người sau phải noi dấu”. Qua đây có thể thấy rằng việc bảo tồn tam quan chùa Bà Mụ nói riêng và bảo tồn cổ tích nói chung đã được người xưa rất coi trọng.
Nhận thấy nguy cơ sụp đổ, mất đi một di tích có giá trị hết sức đặc biệt ngày càng rõ rệt, cũng như xác định tầm quan trọng của việc giữ gìn di tích gắn với bảo tồn giá trị khu di sản văn hóa thế giới, từ năm 2000, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di tích đã liên hệ Viện nghiên cứu kiến trúc nghiên cứu lập hồ sơ vẽ ghi, báo cáo phương án tu bổ tôn tạo. Đến năm 2007, UBND Thành phố đã chỉ đạo các ngành chức năng liên quan tham mưu lập dự án để tu bổ cứu nguy di tích. Đến năm 2009, Dự án đã được UBND tỉnh Quảng Nam phê duyệt tại Quyết định số 3202/QĐ-UBND ngày 21/9/2009 với nội dung đầu tư gồm 3 hạng mục được chia thành 3 giai đoạn, bao gồm: giải phóng mặt bằng, trùng tu Tam quan và tôn tạo cảnh quan di tích. Công trình do UBND thành phố Hội An làm chủ đầu tư, Ban Quản lý Dự án do đồng chí Trương Văn Bay – Phó Chủ tịch UBND Thành phố làm Trưởng ban (sau này, khi đồng chí Trương Văn Bay nghỉ hưu, đồng chí Nguyễn Văn Sơn - Phó Chủ tịch UBND Thành phố thay thế), đồng chí Nguyễn Chí Trung - Giám đốc Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di Sản Văn hóa làm Phó ban, cùng đội ngũ cán bộ có trình độ chuyên môn và nhiều kinh nhiệm trực tiếp tham mưu việc tổ chức, quản lý và giám sát thực hiện. Dự án do Phân viện Khoa học Công nghệ Xây dựng miền Trung lập; Công ty Cổ phần Tư vấn Đầu tư Xây dựng Khang Thịnh làm tư vấn giám sát; đơn vị thi công là Công ty Trách nhiệm hữu hạn Xây dựng Kim An.
Đến năm 2016, sau rất nhiều nỗ lực và được sự đồng tình ủng hộ của bà con nhân dân trong vùng bị ảnh hưởng của Dự án, việc đền bù, giải phóng mặt bằng 24 ngôi nhà tạm đã hoàn thành với tổng kinh phí 6,46 tỷ đồng. Đây là kết quả rất quan trọng, tạo điều kiện thuận lợi để thực hiện các bước tiếp theo.
Song song với công tác đền bù, giải tỏa, việc tu bổ hạng mục Tam quan cũng đã được triển khai và hoàn thành vào cuối năm 2016 theo Quyết định phê duyệt số 553A/QĐ-UBND ngày 12/4/2013 của UBND thành phố Hội An với kinh phí 1,32 tỷ đồng. Xuất phát từ nhận thức về giá trị đặc biệt của di tích, các quan điểm, nguyên tắc bảo tồn cũng như lựa chọn các giải pháp can thiệp vào những yếu tố nguyên gốc của di tích đã được nghiên cứu, cân nhắc hết sức kỹ lưỡng, thận trọng. Trong đó, đặc biệt ghi nhận những công việc hết sức khó khăn như việc bóc tách rễ cây ăn sâu vào kết cấu tường, mái nhưng vẫn giữ gìn được tối đa các cấu kiện, khối xây để gia cố gắn nối lại; việc khảo sát, nghiên cứu, phân tích thành phần các loại vật liệu truyền thống như vữa vôi, vữa màu, các loại khuôn hoa văn giả đá, gạch, ngói có kiểu dáng và trang trí hoa văn đặc trưng,… gia công lại theo phương pháp truyền thống được thực hiện hết sức tỉ mỉ, công phu và đạt hiệu quả, có tính chất khoa học rất cao.
Ngoài việc tu bổ lại kiến trúc Tam quan như nguyên trạng, việc giải tỏa không gian phía trước di tích, tôn tạo cảnh quan, khuôn viên xung quanh di tích cũng được hết sức chú trọng như:xây dựng hồ nước, hệ thống bồn hoa, trồng cây xanh, thảm cỏ; xây dựng nền sân, đường đi dạo, hệ thống chiếu sáng và nhà vệ sinh công cộng phục vụ du khách tham quan, đã góp phần trả lại không gian thoáng đãng vốn có trước đây của di tích, đồng thời giúp du khách quan sát di tích từ nhiều góc độ để có thể cảm nhận được hết vẻ đẹp của các chi tiết kiến trúc. Đây cũng là điểm nhấn về mặt cảnh quan của khu phố cổ Hội An, là điểm tham quan mới mẻ, thú vị cho du khách. Tổng kinh phí đầu tư hạng mục này là hơn 4 tỷ đồng và hoàn thành vào tháng 11/2018.
Vào lúc 15h00 phút ngày 04/12/2018, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản văn hóa Hội An đã chủ trì tổ chức lễ khánh thành công trình tu bổ, tôn tạo di tích Tam quan chùa Bà Mụ, bàn giao đưa vào sử dụng. Đây là hoạt động mang ý nghĩa to lớn trong dịp kỷ niệm 19 năm Khu phố cổ Hội An được UNESCO công nhận Di sản Văn hóa thế giới (04/12/1999 - 04/12/2018).
Hy vọng rằng, bên cạnh các di tích khác như Chùa Cầu, các hội quán, đình miếu, nhà cổ, di tích Tam quan chùa Bà Mụ sẽ là điểm tham quan hấp dẫn, không thể bỏ qua của du khách trong và ngoài nước khi đến thăm Khu phố cổ Hội An.