Trước năm 1985, các nhà khoa học trong và ngoài nước mới chỉ biết, viết về Hội An qua những nguồn tư liệu thư tịch, lịch sử và kết quả điều tra thực địa theo phương pháp sử học, dân tộc, Fofklore... bởi việc khảo cổ học hầu như chưa được tiến hành ở Hội An. Tháng 7/1985, tại Hội nghị khoa học Quốc gia về Đô thị cổ Hội An, từ những kết quả điền dã khảo cổ bước đầu, thông qua Hội thảo, các nhà khoa học Việt Nam đã đề ra một chương trình nghiên cứu toàn diện về Đô thị cổ Hội An, một chương trình điều tra, khảo sát khảo cổ học mới được triển khai chính thức. Chương trình này có sự tham gia hợp tác của các nhà khảo cổ học ở Trung tâm Văn hóa Việt Nam thuộc Trường Đại học Quốc gia Hà Nội, Bảo tàng tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng (
cũ) và Ban Quản lý Di tích và Dịch vụ Du lịch Hội An. Có thể nói đây là một chương trình mở đầu cho Khảo cổ học ở Hội An. Dưới sự hướng dẫn của cố giáo sư Trần Quốc Vượng, dựa vào cảnh quan địa lý, dấu vết của các dòng chảy cổ, sau một thời gian điều tra khảo sát, tháng 7/1989, đoàn Khảo cổ đã đào thám sát khảo cổ tại năm điểm gồm Di chỉ Bàu Đà (
Lăng Bà) - xã Cẩm Thanh; Di tích mộ táng An Bang và Di chỉ cư trú Thanh Chiếm, Hậu Xá I - phường Thanh Hà; di chỉ Hội quán Triều Châu (
chùa Âm Bổn) - phường Sơn Phong. Đặc biệt, cũng trong đợt này (
7/1989) đoàn cũng đã phát hiện và giám định bước đầu khá nhiều vết tích kiến trúc, tác phẩm điêu khắc, giếng cổ của thời kỳ cư dân Champa đó là: Vết tích kiến trúc ở An Bang, Thanh Chiếm (
Thanh Hà), Lăng Bà (
Cẩm Thanh); Tác phẩm điêu khắc: Bức tượng Voi trong Miếu thờ đình Xuân Mỹ (
Thanh Hà) niên đại thế kỷ VIII - IX, tượng Vũ Công Thiên Tiên - Gandharva ở miếu thờ Thần Hời (
Thanh Hà) niên đại thế kỷ IX, tượng Nam thần tài lộc - Kubera ở Lăng Bà (
Cẩm Thanh) niên đại cuối thế kỷ X, đầu tượng thần ở Hậu Xá (
Thanh Hà) niên đại thế kỷ VIII, mảnh bia vỡ (
mặt phải còn ba dòng chữ, mặt trái còn hai dòng chữ) niên đại khoảng thế kỷ X - XII. Đồng thời, hệ thống giếng cổ cũng được phát hiện khá nhiều, nằm dọc theo hạ lưu sông Thu Bồn, trong các khu dân cư cổ, gần bên các vết tích kiến trúc Champa. Đây là những giếng nước được làm từ thời cư dân Champa, đã trải qua nhiều lần tu sửa hoặc được làm theo kiểu thức của cư dân Champa bởi cư dân Đại Việt từ lâu đời.
Mộ Chum thời kỳ Văn hóa Sa Huỳnh - Ảnh: Trung tâm QLBT DSVH Hội An
Tiếp theo và trên một quy mô rộng lớn hơn bao gồm các bước điều tra, đào thám sát, khai quật khảo cổ học trên toàn địa bàn Hội An hiện nay theo dự án "
Khai quật khảo cổ học về di tích văn hóa mộ chum Sa Huỳnh ở thị xã Hội An, tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng) do TOYOTA FOUNDATION (
Nhật Bản) tài trợ từ năm 1993 - 1995. Dự án do Nhóm nghiên cứu ở Hội An trực tiếp đảm nhận, với sự tham gia cố vấn của Trung tâm Liên văn hóa - lịch sử (khoa sử trường Đại học quốc gia Hà Nội). Kết quả ba năm điền dã, khảo sát đã phát hiện được trên toàn bộ vùng cửa sông - ven biển Hội An đều có dấu tích văn hóa Sa Huỳnh và đã đào thám sát, khai quật tại bốn điểm di tích mộ táng: An Bang, Hậu Xá I, Hậu Xá II (
Thanh Hà), Xuân Lâm (
Cẩm Phô). Đó là những khu mộ táng chum đất nung. Năm di chỉ cư trú: Hậu Xá I, Trảng Sỏi, Thanh Chiếm (
Thanh Hà), Đồng Nà (
Cẩm Hà), Bàu Đà (
Cẩm Thanh).
Các khu di tích mộ táng có số lượng mộ chum khá dày đặc
, khá nhiều hiện vật tùy táng gồm đồ gốm như bát, đĩa, nồi, "
đèn Sa Huỳnh", cốc, bình... và dọi xe chỉ; Đồ trang sức có khuyên tai 3 mấu, khuyên tai vành khăn, vòng đeo tay, hạt chuỗi... chất liệu bằng thủy tinh, đá hồng mã não, Nephrite, Crystal, agate, phiến sét; Đồ sắt có dao, rựa, rìu, đục... Tiền đồng có tiền Ngũ Thù, Vương Mãng của Trung Quốc.
Các di chỉ cư trú với tầng văn hóa khá rõ và ổn định. Ở lớp dưới có nhiều mảnh đồ đựng đã được sử dụng, gồm các loại gốm thô Sa Huỳnh, Sa Huỳnh - Chăm (
gốm mịn, màu nâu đỏ, vàng nhạt hoặc xám mốc, văn chải, thừng mịn hoặc in ô vuông, phong cách Hán, Trung Quốc). Niên đại từ thế kỷ II - III, IV sau công nguyên. Ở lớp trên với nhiều mảnh gốm Chăm, sứ, bán sứ Trung Quốc, Islam, Việt Nam thể hiện rất rõ sự nối tiếp dân cư, văn hóa từ thế kỷ III, IV - XI, XV.
Bằng những chứng cứ hiện vật khảo cổ từ trong lòng đất Hội An, tham chiếu, đối sánh với những di tích khảo cổ học khác ở trong nước và khu vực cùng với kết quả của nhiều phương pháp xét nghiệm, giám định niên đại, tại hội thảo khoa học về văn hóa Sa Huỳnh ở Hội An tháng 11/1995 các nhà khảo cổ học đã thống nhất kết luận: Mảnh đất Hội An là nơi tập trung nhiều nhất, đậm đặc nhất của Văn hóa Sa Huỳnh thuộc giai đoạn muộn, cách ngày nay khoảng hơn 2.000 năm. Nét đặc trưng cho các di tích ở đây là sự hiện diện của những đồng tiền Ngũ Thù, Vương Mãng (
Trung Quốc), chất nhựa kết dính giữa nắp và miệng chum, hay than tro, xương động vật trong đáy mộ chum hoặc những hiện vật sắt kiểu Tây Hán, dáng dấp kiểu Đông Sơn, Óc Eo và trong khu vực rộng hơn ở Đông Nam Á. Đặc biệt ở chuôi một số hiện vật sắt còn dấu vết gỗ, vải khá rõ nét. Trong các di chỉ cư trú, tuy mang tính chất khác nhau giữa các điểm như bến, chợ ven sông, điểm thờ cúng nơi cư trú, nhưng hiện vật trong các lớp văn hóa đều đồng nhất, thể hiện sự chuyển tiếp từ văn hóa Sa Huỳnh sang văn hóa Champa. Mặt khác, cũng thể hiện rất rõ mối quan hệ, giao lưu văn hóa trong nước và trong khu vực. Có thể nói, từ thời Sa Huỳnh, Hội An đã là một tiền cảng thị (
pre - port town) hay một cảng thị sơ khai (
embryonnary port town) và chắc chắn là tiền đề cho sự hình thành các tiểu vương quốc ở khu vực miền Trung Việt Nam. Với nền văn hóa Sa Huỳnh muộn "
cổ điển", ở đây đặt ra nhiều vấn đề khoa học lý thú về sự phát triển, chuyển tiếp từ văn hóa Sa Huỳnh lên văn hóa Champa, về táng thức, diện mạo thiết chế kinh tế, văn hóa, xã hội của cư dân thời kỳ này.
Hiện vật thủy tinh màu phát hiện ở Di chỉ Bãi Làng - Ảnh Trung tâm QLBT DSVH Hội An
Trong những năm 1998 - 2006, một số di chỉ liên quan đến giai đoạn Chăm sớm được phát hiện như di chỉ Ruộng Đồng Cao, di chỉ Ruộng rau muống chùa Bà Mụ (phía sau chùa Cầu). Bộ sưu tập hiện vật tại các di chỉ này khá đặc trưng, cung cấp nhiều thông tin hấp dẫn để nghiên cứu về giai đoạn chuyển tiếp giữa Sa Huỳnh muộn và Chăm sớm.
Song song với chương trình dự án "
Khai quật khảo cổ học về di tích văn hóa mộ chum Sa Huỳnh ở thị xã Hội An, tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng” từ năm 1993 - 1995 là chương trình điều tra, thám sát và khai quật tìm hiểu về các lớp kiến trúc, dân cư ở trong khu vực Khu phố cổ Hội An hiện nay của Trung tâm hợp tác nghiên cứu văn hóa Quốc tế, trường đại học Nữ Chiêu Hòa Nhật Bản, phối hợp với Trung tâm nghiên cứu văn hóa quốc tế trường Đại học quốc gia Hà Nội.
Tháng 9/1993, các nhà khảo cổ học đã tiến hành đào thám sát 12 điểm tại các sân sau hoặc trước của các di tích – nhà ở trên tuyến đường Trần Phú, Nguyễn Thi Minh Khai, tức là dãy phố trung tâm của khu phố cổ Hội An hiện nay. Kết quả thông qua hiện vật cho thấy rất rõ dấu vết cư trú, kiến trúc của cư dân thương cảng Hội An thế kỷ XVI - XVII. Đặc biệt, tại địa điểm Đình Cẩm Phô, nhà số 16 Nguyễn Thị Minh Khai, Chùa Cầu phát hiện dày đặc đồ gốm sứ Hizen thế kỷ XVII cùng với bếp lò và dấu tích kiến trúc cùng niên đại đã hé mở nhiều thông tin lý thú về khu vực cư trú của kiều dân Nhật Bản trên đất Hội An xưa.
Về biển đảo Cù Lao Chàm, từ năm 1998, khảo cổ học ở Hội An tiếp tục thu được nhiều kết quả tốt đẹp liên quan đến thời kỳ Tiền Sa Huỳnh và Champa. Trong đó đáng quan tâm là việc phát hiện di chỉ Bãi Ông, di chỉ Bãi Làng ở Cù Lao Chàm, xã Tân Hiệp. Di chỉ Bãi Ông cho biết hơn 3000 năm trước đã có con người cư trú trên mảnh đất Cù Lao Chàm. Đây cũng là di tích có niên đại sớm nhất được biết ở Hội An đến hiện nay và lại nằm trên hòn đảo nên nó còn có ý nghĩa đóng góp quan trọng liên quan đến thời Tiền sử của cư dân Xứ Quảng và cả chuỗi Nam đảo ở Đông, Đông Nam Châu Á. Những hiện vật phát hiện ở di chỉ Bãi Làng như gốm sứ Champa, Trung Quốc, gốm sứ và đồ thủy tinh màu Trung Cận Đông đã chứng minh Cù Lao Chàm là điểm dừng chân, trao đổi thương mại của các thương thuyền quốc tế vào thế kỷ VII-X. Liên tiếp các năm 1997, 1998 và 1999, các nhà khảo cổ học Việt Nam cùng các chuyên gia khảo cổ học, sử học của Đại học Oxford (
Anh), KeBang Sean (
Malaysia), Cộng hòa Séc, với sự liên doanh đầu tư của công ty Saga (
Malaysia) và Visal (
Việt Nam), các công ty chuyên trục vớt tàu đắm tiến hành khai quật tàu đắm cổ ở vùng biển Cù Lao Chàm. Kết quả đã khai quật được hơn 278.000 hiện vật chủ yếu là đồ gốm Việt Nam (
sản xuất tại Chu Đậu, Hải Dương), một số ít của Trung Quốc và một số vật dụng khác có niên đại vào thế kỷ XV-XVI. Điều này cũng khẳng định gốm sứ Việt Nam đã có mặt, tham gia vào con đường gốm sứ trên biển Đông từ nhiều thế kỷ trước.
Kết quả khảo cổ học ở Hội An trong 30 năm qua đã tạo cơ sở cho sự hình thành các bảo tàng chuyên đề ở Hội An: Bảo tàng Lịch sử - Văn hóa, Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh và Bảo tàng Gốm sứ Mậu dịch. Đây cũng là những minh chứng về kết quả mà các nhà khảo cổ học đã đạt được ở Hội An. Trên cơ sở này, các nhà khảo cổ học có thể dựng lại một cách khái quát diễn trình lịch sử của Hội An từ thời Tiền - Sơ sử qua thời kỳ Champa rồi Đại Việt - Đại Nam. Trong suốt diễn trình đó, tuy sự hưng thịnh có khác nhau ở mỗi thời kỳ, Hội An vẫn luôn đóng vai trò là giao điểm trung chuyển mậu dịch, giao lưu văn hóa của Việt Nam và khu vực Đông Nam Á. Sự xuất hiện của hiện vật thủy tinh màu, gốm sứ Islam ở vùng Trung cận Đông và gốm sứ Trung Quốc, Nhật Bản vào các thế kỷ IX - X đến thế kỷ XVI - XVII càng khẳng định thêm vai trò của Đô thị thương cảng Hội An.
Tuy nhiên, kết quả đạt được chưa phải là nhiều so với thực tế bề dày lịch sử vốn có của một Đô thị thương cảng cửa sông - ven biển. Còn khá nhiều vấn đề khoa học được đặt ra cho từng giai đoạn, từng thời kỳ lịch sử, kể cả sự chuyển tiếp của nó. Đặc biệt là vấn đề sự chuyển hóa tiếp nối từ văn hóa Sa Huỳnh lên văn hóa Champa và vai trò của Đô thị thương cảng Hội An đối với con đường gốm sứ mậu dịch trên biển ở khu vực Đông Nam Á mà kết quả khảo cổ học ở Hội An trong những năm qua đã cho nhiều dấu hiệu, thông tin khoa học quý giá. Cho nên, chắc chắn những kết quả này, mới chỉ khai phá bước đầu, làm cơ sở cho khảo cổ học ở Hội An với nhiều niềm tin đầy hứa hẹn, hấp dẫn và lý thú. Bởi tiếp tục khảo cổ học ở Hội An sẽ tiếp tục thu được nhiều thông tin khoa học quan trọng không chỉ đối với ngành khảo cổ học mà cả ngành khoa học xã hội nói chung ở Việt Nam và trong khu vực.