Các làng nghề truyền thống là một bộ phận rất quan trọng trong kho tàng di sản văn hóa Hội An. Chúng là kết tinh của quá trình lao động đầy sáng tạo, năng động của các tầng lớp cư dân kế tục nhau trên mảnh đất Hội An. Bằng những hình ảnh, tư liệu và hiện vật với nhiều chất liệu khác nhau, phần trưng bày đã thể hiện một cách khái quát về các làng nghề truyền thống ở Hội An. Vị trí trưng bày được bố trí tại gian giữa ở tầng 2, đây là không gian trưng bày rộng nhất của cả bảo tàng. Mở đầu của phòng trưng bày là một sa bàn giới thiệu không gian phân bố các làng nghề truyền thống vùng Hội An và phụ cận. Chủ đề này, bảo tàng giới thiệu một số nghề truyền thống tiêu biểu ở Hội An như:
- Nghề y truyền thống: Đô thị cổ Hội An, từ thế kỷ XVI, XVII, từng là tụ điểm của ngành Đông y ở Đàng Trong. Vào thời kỳ ấy, dọc các đường Trần Phú, Nguyễn Thái Học, Hoàng Văn Thụ, Lê Lợi ngày nay có nhiều tiệm thuốc Bắc, thuốc Nam rất lớn như Triều Phát hiệu, Xuân Sanh đường,Thuận An đường,… cùng nhiều thầy thuốc giỏi như thầy Mười, thầy Chấn Nam Thành, thầy Ba Chung,…. Những kinh nghiệm chữa trị của các thầy thuốc ở Hội An đã góp phần đáng kể để phát triển nghề y cổ truyền của địa phương cũng như của Quảng Nam, Đàng Trong. Hoạt động điều trị ở đây bao gồm các khâu liên hoàn từ bắt mạch, kê đơn, bốc thuốc, điều chế hoặc trồng hái cây lá thuốc... Nội dung này, bảo tàng trưng bày một số hiện vật như dao cầu, siêu sắc thuốc, thang thuốc,...đặc biệt có tạo dựng mô hình manơcanh đang ngồi tán thuốc.
- Nghề buôn: có lẽ đây là một nghề ghi dấu ấn đậm nét của cảng thị Hội An nơi đầu mối giao thông thủy bộ. Đặc điểm ngành nghề này quan trọng đến mức nó quy đinh cả bố cục, cấu trúc của đô thị cổ. Và khi vai trò của một thương cảng mất đi do những biến đổi về tự nhiên và xã hội thì đi thị cổ này cũng gần như lụi tàn, chìm dần vào quên lãng cho đến khi trở thành một trung tâm du lịch văn hóa. Các công trình kiến trúc ở Hội An đều có mặt bằng, tính chất, công năng kiểu cửa hàng, một mặt quay ra phố, một mặt quay ra sông phục vụ cho công việc buôn bán. Bảo tàng trưng bày giới thiệu các dụng cụ sử dụng trong nghề buôn như các loại cân, ròng rọc, xe đẩy hàng, bàn tính...
- Nghề đánh bắt sông nước ở Hội An được hình thành trên mảng đất tuy bé nhỏ bé (diện tích tự nhiên khoảng 60m2) nhưng nằm ở vị trí vùng cửa sông - ven biển, rất đa dạng về môi trường sinh thát tự nhiên, đặc biệt là dạng sinh thái sông nước, cùng với nó là các loại thủy - hải sản hơn nữa, ở đây kết cấu khối cộng đồng cư dân với chủ nhân chính là người Việt từ đồng bằng Bắc Bộ và Bắc trung bộ vào tiếp cư với người Chămpa bản địa, có sự hội nhập của cư dân Hoa, Nhật Bản, có sự giao lưu với cư dân nhiều nước của cư dân Hoa, Nhật Bản, vì thế, nghề đánh bắt sông nước truyền thống ở Hội An có lịch sử lâu đời, được hình thành và phát triển từ kinh nghiệm của nhiều nhóm - thành phần cư dân khác nhau cùng chung sống trên mảnh đất này.
- Nghề nông: là một nghề gắn bó với bất cứ một cộng đồng cư dân nào trên đất nước Việt Nam. Tuy vậy, nhìn từ góc độ tri thức dân gian, ở Hội An nghề nông cũng có những đặc điểm riêng qua các công cụ làm đất, phương thức và dụng cụ tưới tiêu hay cách bảo quản chế các sản phẩm nông nghiệp,… Ở nội dung này bảo tàng giới thiệu các công cụ, dụng cụ của nghề trồng lúa nước ở Hội An như cái cày, gàu sòng, bồ đựng lúa, cối xoay lúa,...
Ngoài ra, bảo tàng còn trưng bày giới thiệu một số công cụ, dụng cụ của nghề gốm Thanh Hà và mộc Kim Bồng ở tầng 1 của bảo tàng