Qua thời gian sử dụng vào nhiều chức năng khác nhau, đến đầu năm 2015 di tích bị xuống cấp nghiêm trọng. Được sự thống nhất của UBND tỉnh Quảng Nam, di tích được tiến hành tu bổ khẩn cấp từ kinh phí của tỉnh và thành phố Hội An.
Sau 9 tháng thi công tu bổ, đến nay di tích đã được hoàn thành. Để đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của bà con địa phương và du khách, UBND thành phố đã thống nhất phục hồi chức năng tín ngưỡng ban đầu của di tích chùa Bà. Ngày 17 tháng 8 năm 2016 (
nhằm ngày 15 tháng 7 năm Bính Thân), Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã tổ chức lễ dâng hương và khánh thành tu bổ di tích. Tham dự lễ dâng hương, ngoài các cơ quan ban ngành Thành phố, còn có các doanh nghiệp cùng đông đảo bà con nhân dân trong khu vực và chợ Hội An.
Hiện nay, di tích mở cửa phục vụ bà con nhân dân và du khách các ngày trong tháng, riêng ngày 14 âm lịch sẽ mở cửa đến 21 giờ./.