Với mục đích nâng cao sức hấp dẫn của bảo tàng nhằm đáp ứng nhu cầu tham quan, tìm hiểu về lịch sử văn hóa Hội An của du khách cũng như tăng cường điều kiện bảo quản, phát huy giá trị của hiện vật khảo cổ, UBND thành phố Hội An đã thống nhất chủ trương “nâng cấp trưng bày, bảo quản và bổ sung hiện vật Bảo tàng văn hóa Sa Huỳnh Hội An”.
Ngày 17/9/2015, UBND thành phố có quyết định số 1698/UB-UBND phê duyệt báo cáo kinh tế kỹ thuật để thực hiện. Hiện nay, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hoa Hội An đang triển khai thực hiện nâng cấp trưng bày bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh.
Để thuận tiện cho công tác thi công cũng như đảm bảo an toàn cho hiện vật khảo cổ và du khách, Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh sẽ tạm ngưng đón khách tham quan từ ngày 5/9 – 15/10/2016. Trong thời gian này, để tìm hiểu về lịch sử văn hóa nói chung, Văn hóa Sa Huỳnh nói riêng ở Hội An, bà con và du khách có thể tham quan các bảo tàng khác như bảo tàng Văn hóa Dân gian, Gốm sứ Mậu dịch, Lịch sử Văn hóa Hội An.
Sau khi hoàn thành công tác nâng cấp, bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh sẽ trở thành điểm tham quan du lịch hấp dẫn nằm bên cạnh chùa Cầu – một công trình kiến trúc đặc trưng của khu phố cổ Hội An – Di sản Văn hóa thế giới.