Khu di tích có quy mô rộng lớn, kiến trúc đẹp, được trang trí nhiều đề tài mang ý nghĩa cát tường, những đồ án trong điển tích Nho giáo và những câu đối Hán Nôm có giá trị cao về mặt văn học. Với những giá trị tiêu biểu về lịch sử - văn hóa, năm 2013 Khu di tích Khổng Tử miếu và Đài kỷ niệm danh nhân chí sĩ Quảng Nam đã được xếp hạng di tích cấp tỉnh.
Nhằm quản lý, bảo tồn và phát huy hiệu quả giá trị của khu di tích tương xứng với những giá trị vốn có, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã xây dựng phương án quản lý, sử dụng và phát huy khu di tích trình xin ý kiến chỉ đạo của UBND thành phố. Ngày 31/8 vừa qua, UBND thành phố đã tổ chức cuộc họp về nội dung phương án và có ý kiến chỉ đạo để Trung tâm hoàn thiện phương án và trình phê duyệt để triển khai thực hiện trong thời gian đến.