Di tích chùa Ông cũng là một trong những điểm tham quan hấp dẫn đối với du khách khi đến Hội An, được UBND thành phố Hội An giao cho Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An trực tiếp quản lý, phát huy. Trải qua thời gian sử dụng và sự tác động của yếu tố thời tiết, khí hậu, một số hạng mục gỗ của di tích bị xuống cấp. Để đảm bảo an toàn cho du khách tham quan và bà con nhân dân đến dâng hương, lễ bái cũng như để ngăn chặn sự xuống cấp của di tích, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã tạm dừng đón khách tham quan di tích từ ngày 05 - 20/5/2017 để tiến hành kiểm tra, gia cố, gia cường một số chi tiết, hạng mục kiến trúc của di tích. Sau khi hoàn thành công tác này, Trung tâm sẽ mở cửa trở lại bình thường để phục vụ nhu cầu tham quan của du khách và sinh hoạt tín ngưỡng của nhân dân.