Cùng với chùa Ông, chùa Bà là trung tâm tín ngưỡng của cư dân Hội An trong nhiều thế kỷ qua cũng như hiện nay. Qua thời gian sử dụng, đến đầu năm 2015 di tích bị xuống cấp nghiêm trọng. Được sự thống nhất của UBND tỉnh Quảng Nam, di tích được tiến hành tu bổ khẩn cấp từ kinh phí của Tỉnh và thành phố Hội An với tổng mức đầu tư là 4.513.886.000 đồng.
Sau 1 năm thi công đến nay công trình tu bổ di tích đã được hoàn thành. Vào ngày 11/10 vừa qua, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An phối hợp với các ban ngành của thành phố và UBND phường Minh An tiến hành bàn giao đưa vào sử dụng di tích Chùa Bà. Công tác tu bổ di tích kịp thời phần nào cho thấy sự quan tâm đầu tư tu bổ các di tích một cách hiệu quả, tránh nguy cơ hư hỏng nặng cho di tích, đồng thời đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của người dân Hội An, bà con nhân dân ở các vùng lân cận, góp phần quan trọng trong công tác bảo tồn các giá trị lịch sử, văn hóa, kiến trúc và nghệ thuật của di tích nói riêng và Khu phố cổ Hội An nói chung.