Nhằm từng bước phát huy và nâng cao hiệu quả sử dụng Bảo tàng Hội An tại số 10B Trần Hưng Đạo và phục hồi lại di tích chùa Quan Âm nằm trong Khu phố cổ và đã được cấp bằng xếp hạng di tích cấp Quốc gia vào năm 1991, xét đề nghị của Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An, ngày 29/6/2015, UBND Thành phố đã ban hành công văn số 1953/UBND thống nhất cho phép chuyển toàn bộ tư liệu, hiện vật và hệ thống thiết bị của Bảo tàng Lịch sử - Văn hoá tại chùa Quan Âm về Bảo tàng Hội An, đồng thời cho phép Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An sử dụng gian nhà sau của chùa Quan Âm và không gian Bảo tàng Lịch sử - Văn hoá để phục hồi hệ thống thờ tự trước đây tại di tích; sửa chữa, tôn tạo không gian để tạo thành điểm dừng chân phục vụ nhu cầu tham quan, tín ngưỡng cho nhân dân và du khách.