Phòng chống bão lụt đối với các di tích là một trong các hoạt động của công tác phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn, giữ vai trò quan trọng trong công tác bảo tồn và phát huy giá trị di tích nói riêng, di sản văn hóa nói chung ở Hội An. Do vậy, nhằm hạn chế tối đa những thiệt hại đối với di tích dưới tác động của bão lụt, trong thời gian vừa qua, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã triển khai khảo sát tất cả các di tích trên địa bàn Thành phố. Qua khảo sát, Trung tâm đã lập danh sách các di tích có nguy cơ bị thiệt hại nặng bởi tác động của bão lụt, đồng thời cũng xây dựng kịch bản ứng phó khi có tình huống xấu diễn ra. Bên cạnh đó, Trung tâm cũng đã kiện toàn Ban chỉ huy phòng chống thiên tai, tìm kiếm cứu nạn và phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên liên quan để triển khai thực hiện tốt công tác phòng chống bão lụt đối với di tích.