Ngày 28/10/2020, bão Molave (cơn bão số 9) đổ bộ vào đất liền, gây thiệt hại lớn cho các tỉnh từ Thừa Thiên Huế đến Bình Định, trong đó có Quảng Nam. Trước khi bão đổ bộ, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn vóa Hội An đã có công văn số 161/DSVH ngày 26/10/2020 gởi đến UBND các xã, phường trên địa bàn thành phố Hội An về việc bảo vệ di tích, đặc biệt là với các di tích xuống cấp và các di tích ở những nơi xung yếu, dễ bị tác động của gió bão; đồng thời lưu ý chặt tỉa cây xanh. Theo đó, các địa phương đã chỉ đạo tổ quản lý di tích, chủ di tích có biện pháp ứng phó, gia cố, chống đỡ kịp thời.
Nhằm nắm bắt tình hình thiệt hại tại các di tích tín ngưỡng trong Khu phố cổ, các di tích ngoài Khu phố cổ và cây cổ thụ trong danh mục bảo vệ trên địa bàn Thành phố, ngay sau khi bão tan, trong hai ngày 29, 30/10/2020, Trung tâm đã tiến hành khảo sát 40 di tích xuống cấp và di tích ở những nơi xung yếu, cây cổ thụ trong danh mục bảo vệ của Thành phố ở các địa phương. Hầu hết các di tích đều đảm bảo, tuy nhiên có một vài di tích bị hư hại nhẹ do bị cành cây trong khuôn viên gãy đổ như lăng Bà, đình ấp Cây Giá (thượng) ở xã Cẩm Thanh, lăng Nghĩa Trủng ở phường Cẩm An, ... Khoảng 06 cây cổ thụ bị gãy một số nhánh nhỏ, tuy nhiên rất may mắn là không ảnh hưởng đến di tích.