Chi Hội khoa học lịch sử Hội An trực thuộc Hội khoa học lịch sử Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 20/QĐ-HSH ngày 18/4/2012 của Ban thường vụ Hội khoa học lịch sử Việt Nam. Chi hội Khoa học lịch sử Hội An được thành lập sẽ góp phần tích cực vào lĩnh vực nghiên cứu, bảo tồn và phát huy các giá trị lịch sử - văn hóa Hội An trong thời gian đến.
Vào chiều ngày 24/2/2017, Chi hội Khoa học lịch sử Hội An đã tổ chức buổi họp mặt và trao thẻ hội viên Hội khoa học lịch sử Việt Nam đợt 1 cho các hội viên thuộc Chi hội Khoa học lịch sử Hội An. Trong đợt này, Hội đã trao thẻ cho 23 hội viên mà đa số là những cán bộ, nhà nghiên cứu lâu năm hoạt động trong lĩnh vực lịch sử - văn hóa của địa phương. Cũng trong buổi gặp mặt, Chi hội Khoa học lịch sử Hội An đã thông báo một số văn bản, điều lệ hoạt động của Hội và đưa ra kế hoạch hoạt động của Chi hội trong năm 2017.