Căn cứ nhiệm vụ của bảo tàng theo quy định của Luật Di sản Văn hóa năm 2001 và Luật sửa đổi bổ sung một số điều của luật di sản văn hóa năm 2009, Chỉ thị số 40/2008/CT-BGDĐT ngày 22 tháng 7 năm 2008 về việc phát động phong trào thi đua “Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực”, thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Văn hóa Hội An đã phối hợp với Phòng Giáo dục Đào tạo Hội An tổ chức hoạt động “Chúng em cùng nhau khám phá bảo tàng”.
Từ năm 2013 đến nay, hoạt động này được tổ chức 33 lần, hơn 1334 em học sinh khối lớp 4, 5 các trường Tiểu học và khối lớp 6 các trường Trung học cơ sở trên địa bàn thành phố tham gia. Bên cạnh đối tượng là học sinh, vào các dịp hè, Trung tâm cũng phối hợp với các Chi đoàn của các xã, phường trên địa bàn thành phố tổ chức cho các em đoàn viên của các địa phương tham gia hoạt động này.
Qua hoạt động này đã góp phần tuyên truyền, quảng bá những giá trị lịch sử, di sản văn hóa vật thể và phi vật thể ở Hội An đến với các em, tạo điều kiện để các em tìm hiểu về lịch sử, giá trị văn hóa truyền thống của địa phương nói riêng, Hội An nói chung. Hoạt động này cũng tạo cho các em có những buổi sinh hoạt ngoại khóa bổ ích “học mà chơi, chơi mà học” và gắn kết hoạt động giáo dục di sản với nhà trường để sớm hình thành ý thức bảo vệ di sản của học sinh khi còn ngồi trên ghế nhà trường.
Trong thời gian tới, Trung tâm tiếp tục triển khai hoạt động này tại Bảo tàng Hội An (10B Trần Hưng Đạo) cho toàn bộ các trường tiểu học và trung học sơ sở trên địa bàn thành phố tham gia. Đồng thời cũng đổi mới, đa dạng các hình thức thực hiện để tạo thêm sự hấp dẫn của hoạt động.