Sự hiện diện của di tích này vừa góp phần làm phong phú thêm loại hình di tích ở Hội An, vừa minh chứng vai trò Hội An từng là trung tâm văn hóa - giáo dục của tỉnh Quảng Nam, là mảnh đất giàu truyền thống hiếu học. Trải qua quá trình sử dụng, nhiều hạng mục của di tích đã bị xuống cấp. Thực hiện phương án bảo tồn và phát huy giá trị của di tích, được sự thống nhất của UBND thành phố, ngày 27/6 vừa qua Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An phối hợp với các ban ngành liên quan và UBND phường Cẩm Phô tiến hành bàn giao mặt bằng thi công tu bổ di tích cho đơn vị thi công là Công ty trách nhiệm hữu hạn xây dựng và dịch vụ Kim Châu. Theo hồ sơ được phê duyệt, di tích Khổng Tử miếu sẽ được tu bổ những hạng mục hư hại ở cổng tam quan, hồ bán nguyệt, chính điện và hậu điện, nhà đông, nhà tây; tôn tạo lại sân vườn như trồng sen ở hồ bán nguyệt, cây xanh, điện chiếu sáng; bố trí thêm hệ thống thờ tự ở chính điện. Tổng kinh phí tu bổ, tôn tạo di tích được duyệt là 956.270.000đ, từ ngân sách thành phố Hội An. Thời gian thực hiện hoàn thành thi công tu bổ là 120 ngày.