Nhà thờ công giáo Hội An là công trình kiến trúc tôn giáo có giá trị về mặt văn hoá, lịch sử đã được xếp hạng di tích cấp Tỉnh năm 2008 và là điểm thu hút khách khi đến tham quan phố cổ Hội An.
Hiện nay, các hạng mục công trình của nhà thờ được xây dựng qua các thời kỳ đã xuống cấp, không đồng nhất về quy hoạch, kiến trúc cần phải được nâng cấp, cải tạo tổng thể để phục vụ tốt hơn nhu cầu sinh hoạt tôn giáo của đồng bào giáo dân tại Hội An, cũng như tạo điểm tham quan, hành hương của du khách và các giáo hữu đạo Thiên Chúa. Nhằm bảo tồn và phát huy tốt các giá trị của ngôi nhà thờ, ngày 17/4/2015 UBND Thành phố đã ban hành công văn 1091/UBND thống nhất chủ trương cho phép Giáo xứ Hội An xúc tiến lập quy hoạch tổng thể nâng cấp, sửa chữa các hạng mục công trình của nhà thờ.