Trải qua thời gian hơn 3 thế kỷ dưới tác động của thời tiết, xâm thực của cây cối và những ảnh hưởng từ nhiều yếu tố khác, hai di tích này đã bị xuống cấp nặng. Nhằm bảo tồn những giá trị về mặt lịch sử và kiến trúc của hai di tích, được sự thống nhất chủ trương của UBND thành phố, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An đã hoàn tất hồ sơ và phối hợp với các địa phương, ban ngành liên quan tiến hành bàn giao mặt bằng để tu bổ, tôn tạo cảnh quan di tích cho đơn vị thi công. Tổng kinh phí được duyệt để tu bổ, tôn tạo hai di tích nêu trên là 498.416.000 đồng từ ngân sách Thành phố trích từ nguồn vé tham quan theo kế hoạch hàng năm. Hai di tích này sẽ được tu bổ hoàn thành trong thời gian 3 tháng.
Việc đầu tư tu bổ di tích mộ ông Khổng Thiên Như và mộ ông Chu Kỳ Sơn vừa thỏa mãn nhu cầu tâm linh của cộng đồng về nơi yên nghỉ của bậc tiền nhân từng giữ vai trò quan trọng tại thương cảng Hội An, vừa góp phần bảo tồn và phát huy giá trị di tích nói riêng, di sản văn hóa Hội An nói chung.